Восстание под предводительством Емельяна Ивановича Пугачева (1773-1775 гг.) - это антиправительственное выступление, которое охватило Оренбургскую, Казанскую, Нижегородскую, Астраханскую и Сибирскую губернии. Во время Крестьянской войны 1773-1775 годах Преображенский завод использовался как крепость. Здание запиралось на дубовые двери, железные решетки были вмонтированы в окна, по периметру крыши стояли пушки. Зилаирская крепость фигурировала в документах о восстании Емельяна Пугачева 1773-1775 г.г. 14 октября 1773 года на Преображенский завод, расположенный в 27 верстах от Зилаирский крепости, пребывает полковник Пугачевской армии Т.А. Соколов-Хлопуша. Гарнизон крепости возглавлял поручик Е.Д. Долгоносов, в составе горнизона было 70 солдат и 6 пушек, но оказать сопротивление восставшим не смог. С конца октября 1773 года крепость не раз подвергалась нападениям восставших и была частично разрушена. 4 ноября 1773 года Е.Д. Долгоносов доносил о неоднократных приступах башкир и заводских