В 1941 году подготовка к эвакуации проводилась уже с первых дней войны. 27 июня 1941 года было принято совместное постановление ЦК ВКП (б) и СНК СССР "О порядке вывоза и размещения людских контингентов и ценного имущества". В глубоком тылу было создано девять крупных хранилищ эвакуированных музейных ценностей.
В Загорском музее-заповеднике к 1 июля был определен состав первых готовых к отправке ящиков с экспонатами. Всего было подготовлено 42 ящика ценного груза – экспонатов 1-й категории: предметов из драгоценных металлов, камней, жемчуга – церковная утварь, коллекции икон и мелкой пластики, уникальные произведения древнерусского шитья и церковные облачения, рукописные и печатные книги в драгоценных окладах, в числе которых древнейшая опись монастыря 1641 года.
В каждом ящике, в зависимости от размеров экспонатов, насчитывалось от 4 до 140 предметов. Отдельно были упакованы драгоценная риза XVI-XVIII вв. на икону "Троица" Андрея Рублева и, так называемая "Жемчужная", шитая пелена "Крест на Голгофе" 1599 года вклад в Троицкий монастырь царя Бориса Годунова. 19 июля 1941 года подготовили к эвакуации на Урал в составе коллекций Загорского музея и серебряную раку с мощами преподобного Сергия Радонежского, поместив ее в отдельный ящик под тремя печатями Загорского райотдела НКВД.
Последним было упаковано "серебро из Троицкого собора" – драгоценное убранство раки и алтаря собора: детали престола и сени над престолом, детали сени и ограждения раки, выносные подсвечники, лампады, кандила (подсвечники). Всего же в те дни в глубокий тыл было оправлено около 1300 предметов музейной коллекции.
Известно, что в начале войны крупные музеи сдавали определенный объем своих ценностей на хранение в государственные сейфы. Загорским музеем на временное хранение в Гохран драгметаллов наркомата финансов СССР было сдано более 200 предметов, которые в мае 1945 года вернулись в музейные фонды. Среди них жемчужина коллекции, ныне находящаяся на постоянном экспонировании, - драгоценная митра 1626 года.
25 июля 1941 года на основании распоряжения Управления по делам искусств ценности Загорского музея-заповедника (42 запломбированных ящика) были переданы на хранение в Государственный Исторический музей, который обеспечивал транспортировку ценностей из музеев Москвы и области.
Перевозка груза к новому месту хранения осуществлялась водным путем
централизованно в соответствии с общим планом эвакуации художественных музеев.
Пути следования подобных "караванов" были засекречены, пункты назначения, детали транспортировки известны только ограниченному кругу ответственных лиц. В 20-х числах августа "караван" прибыл в Горький, в сентябре продолжил свой путь по Каме в Пермь. В первой половине октября обледеневшая баржа, преодолев еще 400 км, достигла пункта назначения - Соликамска.
22 октября 1941 года груз, благополучно доставленный на барже N 3805, был сдан директором Загорского музея И.З. Птицыным на хранение директору филиала Русского музея в эвакуации П.К. Балтуну, который являлся хранителем спецгруза из Московских музеев в период эвакуации.
Небольшой коллектив сотрудников эвакуированных музеев обеспечивал сохранность более 400 ящиков экспонатов 1-й категории – наиболее ценных частей фондов крупнейших музеев страны. Постепенно была отлажена и установлена система дежурств, регулярных обходов, организована военизированная охрана.
Уже в начале 1942 года размещение фондов в Соликамске было признано "большой ошибкой" из-за отсутствия системы отопления в соборе, где температура опускалась до 20 градусов мороза. В комнатах сотрудников, находившихся в пределах хранилища, стены на полметра от пола покрывались снегом и льдом. Для контроля сохранности экспонатов проводились регулярные выборочные вскрытия ящиков с ценностями. При каждом вскрытии помимо сверки наличия производились необходимые профилактические мероприятия – проветривание, просушка, обеспыливание, переупаковка экспонатов. Наиболее уязвимыми в отношении сохранности для Загорского музея оказались памятники шитья. В результате долгого (более года) пребывания экспонатов в плотной упаковке без доступа воздуха в неотапливаемом помещении постоянно появлялась влажность.
В ноябре 1944 года, пережив трудности реэвакуации, ценности Загорского музея (по железнодорожному маршруту Соликамск - Пермь - Киров - Москва) были возвращены в стены Лавры, согласно заключительному акту проверки, "в хорошем состоянии".
Значительных утрат и повреждений выявлено не было. На основе вернувшихся
экспонатов летом 1946 года в Загорском музее-заповеднике была открыта первая после 1920-х гг. художественная экспозиция "Древнерусское искусство и культура XV-XVII веков".
Прошедшие через эвакуацию экспонаты музея являлись лишь малой частью его
собрания (приоритет здесь был за драгоценными металлами и коллекцией шитья).
Как и во многих других музеях, вывоз ценностей по разным причинам был
осуществлен не в полном объеме. После начала контрнаступления советских войск под Москвой он был приостановлен. В Загорском музее в течение нескольких лет хранились упакованными в ящики невывезенные книги, иконы ризничного собрания и иконостаса Троицкого собора XV-XVII вв. (в первую очередь - иконы эпохи Андрея Рублева) – уникальный иконный ансамбль, единственный сохранившийся в своем первозданном виде русский иконостас XV века. Медные вещи, не представляющие художественной ценности, сдали в фонд обороны.
К отправке второй очередью в октябре 1941 года было спешно подготовлено не менее 32 ящиков, в 15 из которых находилось полное иконное убранство Троицкого собора лавры. Эти редчайшие произведения древнерусского искусства пережили вместе с музеем самое критическое время, когда фронт в ноябре 1941 года проходил всего в 35-40 км от Загорска. Лишь в конце ноября 1941 года после разгрома немецких частей в районе Яхромы угроза захвата Загорска была снята.