В XI–XII веках Япония переживала один политический кризис за другим. Центральная власть императорского двора в Киото постепенно ослабевала из-за бесконечных интриг и борьбы за влияние среди придворной аристократии. Это привело к усилению самурайских родов, управлявших провинциями и располагавших собственными армиями. Одновременно система управления, при которой важнейшие должности занимали представители рода Фудзивара, начала давать трещины.
На фоне этого кризиса начали набирать силу два самурайских клана — Тайра и Минамото. Изначально они сотрудничали, подавляя мятежи и поддерживая центральную власть. Однако после восстания Хогэн 1156 года, вызванного борьбой между отставным императором Сутоку и действующим императором Го-Сиракавой, их союз дал трещину. Хотя восстание было подавлено совместными усилиями Тайра и Минамото, победа принесла наибольшие дивиденды клану Тайра. Возглавляемый амбициозным Тайра Киёмори, он значительно укрепил свои позиции при дворе, оттеснив Минамото на второй план. Как отмечает Британника, Минамото Ёситомо был «недоволен долей, которая ему досталась» после подавления восстания.
В 1159 году недовольство усилением власти Тайра вылилось в новый мятеж — восстание Хэйдзи, организованное Минамото Ёситомо. Целью восставших было свержение правительства Тайра и назначение лояльного Минамото императора. Однако Киётомори смог подавить мятеж. Минамото Ёситомо сначала спасся бегством, но вскоре был схвачен и казнён в провинции Овари (фактически по приказу Тайра), а его семья подверглась жестоким гонениям. Представителей рода Минамото активно уничтожали. Выжили немногие, в том числе двое сыновей Ёситомо: старший — Ёритомо, сосланный на восток страны, и младший — Ёсицунэ, который скрывался в монастыре.
В 1180 году принц Мочихито, второй сын экс-императора Го-Сиракавы, открыто выступил против господства Тайра, призвав всех недовольных к восстанию. Это событие ознаменовало начало войны Гэмпей. Именно в этом году, после поражения в битве при Удзи, произошло первое в истории официально задокументированное сэппуку: Минамото Ёримаса, осознавая неизбежность поражения и не желая попасть в плен, совершил ритуальное самоубийство, став символом самурайского бесстрашия и верности чести.
Начальный этап войны оказался неблагоприятным для Минамото. Однако Ёритомо сумел организовать мощное сопротивление на востоке страны, постепенно собирая сторонников и укрепляя свои позиции. Важным поворотным моментом стало выступление его двоюродного брата, Минамото Ёсинаки, который в 1183 году захватил Киото. Однако Ёсинака вскоре стал действовать самостоятельно, угрожая авторитету Ёритомо. Для усмирения мятежного кузена Ёритомо отправил своего младшего брата Ёсицунэ, который проявил блестящий военный талант и быстро занял столицу, разгромив Ёсинаку.
Весной 1184 года произошло сражение при Итинодани. Пока основные силы Минамото атаковали врага с фронта, отряд Ёсицунэ, преодолев крутые и труднопроходимые горные склоны, неожиданно обрушился на армию Тайра с тыла. Разгром был полным. Единственным успехом Тайра стало бегство малолетнего императора Антоку на запад, на остров Сикоку.
Там отступившие войска Тайра попытались организовать оборону на северном побережье. Весной 1185 года у горы Ясима произошло новое сражение. Минамото-но Ёсицунэ совершил дерзкий морской десант в тыл противника, что позволило стремительно разгромить силы Тайра.
Финальное сражение войны состоялось в апреле 1185 года в морском проливе Дан-но-ура между островами Хонсю и Кюсю. Изначально преимущество было на стороне флота Тайра: морские течения рассеивали суда Минамото и способствовали сосредоточению кораблей Тайра. Однако смена течений изменила ход битвы: теперь флот Тайра оказался разбросанным, и инициатива перешла к Минамото.
Стоит отметить, что самураи клана Тайра отказывались сдаваться в плен. В соответствии с кодексом чести, они предпочитали смерть плену, поэтому начали массово бросаться в море. В ходе битвы погиб и малолетний император Антоку — парню было всего шесть лет. Вместе с ним в море были утеряны священные регалии Японии: бронзовое зеркало Ята-но кагами, яшмовые подвески Ясакани-но магатама и священный меч Кусанаги-но цуруги.
Считается, что зеркало было захвачено солдатами Минамото, тогда как подвески и меч бабка Антоку, Тайра-но Токико, бросившаяся в море вместе с императором, унесла с собой на дно, чтобы они не достались противнику. Подвески впоследствии были найдены, но судьба меча остаётся загадкой: то ли его обнаружили позже, то ли он так и остался лежать на дне пролива.
Вообще, императорские регалии традиционно хранятся в закрытых святилищах, и никто за пределами императорского двора их не видел. Даже в наши дни точно неизвестно, подлинны ли они или нет.
Победа Минамото ознаменовала конец доминирования Тайра и привела к кардинальным изменениям в политической структуре Японии. В 1192 году Ёритомо получил титул сэйи-тай-сёгуна (главнокомандующего против варваров). С этого момента ведёт свои историю Сёгунат Камакура — первый полноценный сёгунат в истории Японии. Императорский двор был фактически лишён реальной власти, и страна вступила в эпоху сегунатов, которая продлилась почти семь веков, до Реставрации Мэйдзи в XIX веке.