Статья подготовлена изданием Лаборант - журнал об аналитической химии. Подписывайтесь так же на наш телеграм-канал о научных новостях Онкология.
Колоректальный рак (КРР) остается одной из самых сложных клинических проблем, стоящих перед нашей системой здравоохранения. КРР занимает второе и третье место среди самых распространенных видов рака у мужчин и женщин соответственно. Кроме того, КРР является одним из самых смертоносных видов рака, который, по прогнозам, приведет к более чем 50,000 смертельным случаям в 2024 году.
Наследственный колоректальный рак (НКРР) возникает, когда родитель передает ребенку ген, вызывающий рак. К сожалению, до сих пор не выявлено ни одного гена, который бы однозначно вызывал это заболевание. Наследственные синдромы КРР, такие как наследственный неполипозный колоректальный рак (ННКРР, также известный как синдром Линча) и семейный аденоматозный полипоз (ФАП), описывают группу генетических заболеваний, которые значительно повышают риск развития КРР. По мере расширения наших знаний мы узнали о растущем числе генетических вариантов в генах, предрасполагающих их носителей к КРР. Однако точная роль некоторых из этих вариантов в развитии КРР остается неясной. Получение дополнительной информации об этих вариантах, называемых вариантами неопределенной значимости (VUS), может помочь в оптимизации программ скрининга и наблюдения.
Полипоз, состояние, при котором в желудочно-кишечном тракте растут аномальные ткани, является основой многих наследственных синдромов КРР. Наиболее распространенный наследственный желудочно-кишечный полипоз, семейный аденоматозный полипоз, содержит варианты в гене APC, опухолевом супрессоре, который в нормальном (немутированном) состоянии контролирует рост опухоли.
Чтобы определить роль вариантов в гене APC, команда исследователей провела всестороннее исследование, чтобы понять их клиническое значение. Исследователи недавно опубликовали свои результаты в Американском журнале генетики человека.
Участники рабочей группы ClinGen-InSiGHT Hereditary Colorectal Cancer/Polyposis Variant Curation Expert Panel (VCEP) разработали критерии классификации вариантов, специфичные для APC. Исследование применило эти новые критерии к 10,228 уникальным вариантам APC из двух различных баз данных: ClinVar, база данных вариантов, управляемая Национальными институтами здоровья (NIH), и Leiden Open Variation Database (LOVD), курируемая Международным обществом по наследственным опухолям желудочно-кишечного тракта (InSiGHT).
Целью исследования было выяснить больше о VUS, и 37% сокращение числа VUS было значительным и обнадеживающим. Анализ привел к классификации 41% VUS из ClinVar и 61% VUS из LOVD с клиническим значением, большинство из которых были уточнены как "вероятно доброкачественные". Тридцать семь вариантов APC остались VUS после первоначального анализа, но 24 (65%) могли быть переклассифицированы как "вероятно патогенные" после дополнительного анализа, основанного на добыче данных.
Кроме того, с помощью этих методов исследователи также подтвердили клиническое значение уже классифицированных вариантов. Большинство вариантов (94% из ClinVar и 96% из LOVD), первоначально классифицированных как "вероятно доброкачественные" или "вероятно патогенные", остались без изменений.
Авторы показывают, что переклассификация VUS с использованием критериев, специфичных для APC, значительно сократила число неопределенных вариантов. Более того, успешная реорганизация этих вариантов не только предполагает, но и вселяет надежду на то, что будущие достижения могут быть достигнуты с помощью подобных систематических подходов. Такая работа может предоставить больше информации о неизвестных генетических вариантах в больших наборах данных, представляющих другие виды рака с наследственными связями.
После исследования исследователи сыграли ключевую роль в предоставлении подробностей о переклассификации генетических вариантов, имеющих отношение к КРР, через ClinVar и LOVD, что позволяет широко применять их в клинической практике. Эта информация поможет онкологам и генетическим консультантам лучше информировать своих пациентов и применять протоколы скрининга и профилактики.
Источники:
CA Cancer J Clin, NEJM, Ann Coloproctol, Am J Hum Gen
Статья подготовлена изданием Лаборант - журнал об аналитической химии. Подписывайтесь так же на наш телеграм-канал о научных новостях Онкология.