Полуостров Шимабара стал значимым центром католического христианства в Японии с середины XVI века. В 1587 году, после того как Тоётоми Хидэёши издал указ о запрете иезуитов, некоторые священники начали скрываться в этом регионе и помогать развивать христианскую общину. При даймё Кониши Юкинаге, который сам исповедовал христианство, в этих местах активно действовали иезуитские миссии. До начала массовых гонений на христиан в Шимабаре работали иезуитский монастырь, семинария и дом священников, а количество христиан достигало 70 тысяч. Эти общины находились под защитой даймё-христианина Аримы Харунобу. Подобная поддержка была и на соседних островах Амакса, где местные самураи также помогали христианам.
В 1596 году японское центральное правительство начало преследования христиан, которые продолжались до начала 1630-х годов. Особенно жестокими эти гонения стали после того, как сёгунат Токугава пришёл к власти, а сёгун Токугава Иэмицу начал проводить политику самоизоляции. Репрессиями в Шимабаре и Амаксе управляли новые даймё - Мацукура Шигэмаса и Тэрадзава Кататака. Они прибегали к пыткам и казням, чтобы заставить большинство населения отказаться от христианства к 1633 году.
Эти гонения совпали с разрушительными тайфунами и длительной засухой в 1633-1637 годах, что привело к голоду. Несмотря на трудности, налоги оставались высокими, и продовольствие изымалось силой. В 1636 году сёгунат заставил Мацукуру и Тэрадзаву участвовать в ремонте сёгунской резиденции в Эдо, что ещё больше усложнило жизнь крестьянам Шимабары и Амаксы.
Восстание началось 17 декабря 1637 года на острове Кющю, в землях даймё Мацукуры Шигэхару, и вскоре распространилось на острова Амакса. По некоторым данным, число восставших достигло 23 000 человек, включая крестьян и ронинов, а также женщин. Восстание возглавил шестнадцатилетний юноша по имени Амакса Широ (также известный как Масуда Токисада), который взял себе христианское имя Джером. Широ был сыном одного из вассалов местного даймё. Говорили, что к нему садились на руку птицы, что он мог ходить по воде и извергать огонь изо рта. Его последователи считали его Мессией, хотя он сам не утверждал, что является божественным существом.
Правитель Нагасаки, Тэрадзава Хиротака, отправил против восставших 3000 самураев, но восставшие разбили их 27 декабря 1637 года, уничтожив более 2800 воинов. Оставшиеся в живых бежали в Нагасаки, и Хиротака запросил подкрепления у сёгуната. 31 января 1638 года войска сёгуната одержали победу, восставшие потеряли около тысячи человек и были вынуждены отступить в Шимабару.
На полуострове Шимабара повстанцы осадили полуразрушенный замок Хара, который быстро восстановили. Вскоре на стенах замка появились христианские знамёна и большие деревянные кресты, и он стал центром сопротивления.
2 января Хиротака с 500 самураями направился в Шимабару. К нему вскоре присоединились ещё 800 самураев из Омуры. Они расположились лагерем в полумиле от замка и начали обстреливать восставших с пушек, взятых с японских и китайских судов. Также они попросили голландские торговые суда помочь в бомбардировке замка с моря. Судно «де Рюп», находившееся на рейде, нанесло значительные повреждения укреплениям. По некоторым свидетельствам, ядро попало в башню, где Широ проводил военный совет, и оторвало ему рукав одежды. После того как голландцы потеряли двух матросов, они решили уйти.
Скоро прибыли войска сёгуната, но восставшие в замке Хара успешно оборонялись ещё несколько месяцев. Нападающие понесли большие потери. 3 февраля 1638 года во время вылазки восставшим удалось уничтожить около 2000 воинов сёгуната вместе с их даймё. Однако у них постепенно заканчивались еда и боеприпасы.
10 марта к осаждающим подошло подкрепление, и теперь 30 000 осаждённых крестьянам противостояло войско из 200 000 самураев. 4 апреля восставшие предприняли неудачную вылазку, и несколько из них было захвачено. Осаждающие узнали, что еда и порох в крепости на исходе.
12 апреля 1638 года воины из провинции Хидзэн начали штурм крепости и захватили внешний периметр обороны. Восставшие продолжали сражаться до 15 апреля, уничтожив более 10 000 воинов сёгуната.
После подавления восстания было казнено более 37 000 восставших и их сторонников. Голова Амаксы Широ была доставлена в Нагасаки. Крепость Хара была сожжена и полностью разрушена. Сёгунат запретил христианство в Японии, обвиняя в этом «варваров-христиан». Иностранцам был запрещён въезд в страну, а отношения с Португалией и, в 1640 году, с Голландией были разорваны. Согласно новой политике самоизоляции, японцам запрещалось покидать страну под угрозой смерти, а тем, кто находился за границей, было запрещено возвращаться. Контакты с Западом продолжались только через голландскую торговую миссию на Дэджиме, но они были под строгим контролем сёгуната. Япония стала совершенно закрытой страной.
Тем не менее, полностью искоренить христианство японским властям не удалось. На севере Кющю и в близлежащих районах Хонщю остались небольшие общины тайных христиан, известных как Какурэ-кирищитан, которые иногда маскировались под буддийские секты. Например, многие последователи святого Франциска Ксавьера молились в буддийских храмах, обращаясь к богине милосердия Каннон, и отождествляли её с Пречистой Девой Марией. Лишь после ослабления политики самоизоляции скрытые христиане смогли выйти из подполья.
После подавления восстания в Шимабаре на протяжении более 200 лет, до 1860-х годов, в Японии не происходило крупных вооружённых конфликтов. Десять поколений самураев в период Эдо не участвовали в сражениях.
В Киото один из кварталов красных фонарей квартал красных, в который частенько наведывались ребята из Шинсенгуми, тоже назывался Шимабара.
Название происходит от того факта, что, когда он переехал на свое нынешнее место, поднялся огромный шум, похожий на беспорядки в Шимабаре.