Фундаментальными основаниями Школы являются несколько предметно-содержательных областей научного знания. Как говорили в ИБП РАН некоторые преподаватели:
Всё самое интересное находится на стыке наук.
Каждая из этих областей либо частично, либо полностью была интегрирована в методологический базис Школы:
1.Системология.
Основная взятая идея-способ упрощения сложной реальности через её представление в виде компонентов и отношений между ними.
2.Формальная логика.
Взяты идеи и правила относительно форм мышления: понятий, суждений и умозаключений. Объяснение предметной области создаётся в виде теорий из систем понятий.
3.Математика.
Взяты математическая логика, исчисление высказываний, аксиоматическая теория множеств, теория графов, теория родов структур и теория ступеней множеств.
4.Тектология.
Взяты подход к пониманию границ предметов концептуализации, подход к организации исследований сложной реальности, подход к исполнению идеи восхождения к конкретному.
5.Когнитология.
Взяты представление о мышлении как о совокупности способов управления сознанием динамикой своих собственных состояний и представление о том, что человеческое сознание работает лишь с отражением реальности, опосредованной органами чувств, которое всегда имеет лишь дело с текстами о ней.
6. Философия.
Взяты идея восхождения к конкретному через абстрактное, достижения герменевтики и вопрошание.
7.Лингвистика.
Взяты правила семантики, разные знаковые системы с особенными лингвистическими свойствами, порождение новых терминов.
8.Методология.
Взяты понятие деятельности как формы отношений, различения научной и инженерной деятельностей, принципы организации проектной деятельности, представления о методах и технологиях.