Станица Нижне-Чирская находилась на реке Дон на правом берегу, на месте впадения Чира, река Чир собственно и дала название станице. Согласно истории, казачий городок Чир раннее был расположен около шести верст от расположения Нижне-Чирской станицы, в массиве леса в природном урочище "Остров". В документах того времени городок упоминается в 1637 г. как единственный, а в 1672 г. городок упомянут как два разных городка Верхний и Нижний Чир. Более 150 лет назад Нижне-Чирской городок был перенесен на место существования вплоть до строительства Цимлянской ГЭС в 20 веке.
Первое упоминание деревянной церкви Святой Троицы в станице относится к 1729 г. хотя точно известно что церковь существовала и до этого года. Каменный Нижнечирской Храм Святой Троицы начали возводить в 1783 г. и закончили в 1789 но уже с приделом Святителя Николая чудотворца.
В 1783 году началось, а в 1789 году завершилось строительство каменного храма с тем же названием, который имел придел во имя Святого Николая.
Согласно данным в 1859 г. в окружном центре Второго Донского округа Донского Войска, в Нижне-Чирской было свыше 200 жителей, было две действующих православных церкви Крестовоздвиженская и Святой Троицы, также имелись окружные учреждения, два кирпичных, два кожевенных и один свечной заводы, имелась почтовая станция и учреждения здравоохранения. В станице правление было выборным и возглавлял которое станичный атаман.
По данным за 1915 г. в окружной станице имелось 1260 дворов в которых насчитывалось 3941 мужчин и 3 978 женщин, также на земельном довольствии казачьего населении станицы было 19370 земельных десятин. К 1917 г. в Нижне-Чирской количество жителей составляло 10142 человек, имелись учебные заведения. Также функционировала окружная больница, работали около двенадцати трактиров и кабаков.
В 1953 г. со строительством Цимлянского вдхр. станица Нижне-Чирская перекочевала на свое нынешнее место. В 1960 г. станица получила статус рабочего поселка Нижний Чир. В наше время станица Нижне-Чирская находится выше по склону западного берега водохранилища.