Клоны из "Звёздных войн" были выведены как лучшие солдаты для защиты Галактической Республики. Все они обладали ДНК лучшего охотника за головами в галактике - Джанго Фетта, найдёныша мандалорцев.
Они были самыми храбрыми, верными и умелыми воинами, и хоть все клоны были похожи друг на друга, все они обладали уникальными личностями. На протяжении трёх лет они сражались бок о бок с джедаями ради восстановления мира в далёкой-далёкой Галактике, но в итоге они оказались жертвами манипуляций Палпатина.
Согласно Приказу 66, они должны были устранить находящихся рядом джедаев, но после исполнения приказа следующий вопрос был в том, что делать с самими клонами. Многочисленные истории рассказали о нескольких путях, по которым пошли клоны, и все эти дороги стали следствием несправедливого и жестокого обращения с ними.
Многие клоны остались верны Империи
Вполне естественно, что после Приказа 66 большинство клонов продолжили служить так же, как и раньше, но единственное отличие заключалось в том, что теперь они служили под знамёнами Империи, а не Республики.
Они продолжали быть боевой силой Империи, вот только их понизили до уровня сил безопасности. Им поручали поддержание порядка, а иногда поручали выслеживать мятежные ячейки повстанцев. В других случаях они занимались отслеживанием грузов.
Без конфликта, в котором нужно было бы сражаться, многие клоны считали, что их служба закончена, и это мнение усиливалось на том фоне, что их высоко ценимые ранее навыки оказались невостребованными в новой Империи.
Затем в Сенате была представлена программа штурмовиков. Как показано во втором сезоне сериала "Звёздные войны: Бракованная партия", после разрушения фабрик клонов на Камино император Палпатин повлиял на Имперский Сенат, чтобы тот принял его закон о штурмовиках, который фактически определил судьбу всех клонов в Империи. Они должны были быть отстранены, так как добровольцы-призывники становились новым лицом военных сил Империи.
После этого клоны начали сомневаться в своём положении, и кто-то отвернулся от Империи.
Некоторые клоны дезертировали
Отряд клонов 99 был среди немногих клонов, чьи чипы не активировались во время Приказа 66. Также после Приказа 66 действие ингибиторных чипов со временем начало ослабевать, что заставило клонов всё чаще сомневаться в своём месте в новой Империи.
По мере того, как клоны начали вытесняться, в имперских рядах росло негативное отношение к ним. Новые рекруты пользовались большим уважением, чем измотанные клоны. Даже преданные бойцы, такие как КС-9904 по прозвищу "Прицельщик", начали замечать, как ужасно обращаются с клонами. В итоге он и другие воины-клоны начали в той или иной форме дезертировать из Империи.
Возможно, было восстание клонов
В "Легендах" был эпизод, в котором 501-й легион штурмовиков был направлен на Камино для подавления восстания клонов. Это случилось в 12 ДБЯ (До Битвы при Явине) под руководством молодого Бобы Фетта.
В последовавшем сражении Империя победила, и штурмовики (вместе с несколькими клонами) разрушили объект и уничтожили руководство каминоанцев.
Официально на Камино никогда не было восстания клонов. Неофициально, через двадцать лет после нашего создания, специальное подразделение 501-го легиона было направлено на Камино с приказом уничтожить силы клонов, выведенных для вооружённого конфликта с Империей".
— Вступление из журнала 501-го легиона о компании на Камино
Хотя это восстание относится к "Легендам", в третьем сезоне "Бракованной партии" был намёк на восстание клонов через вербовку капитаном Рексом бывших штурмовиков-клонов. Однако, это восстание так и не осуществилось, но его, возможно, покажут в будущем.