Монеты, обнаруженные археологами в Ай-Хануме, включают в себя (помимо неотчеканенных заготовок) в общей сложности 212 экземпляров (единичные находки), которые можно идентифицировать как греческие или индийские. Кроме того, были раскопаны два крупных клада. Один из них, найденный в черте города в 1970 году, содержал 683 монеты, отчеканенные в Индии и позже похищенные из дворца после падения Ай-Ханума. Другой, обнаруженный в 1973 году на кухне дома за стенами Ай-Ханума, состоял из 63 греческих и бактрийских тетрадрахм. В третьем кладе, найденном фермером зимой 1973-1974 годов и впоследствии разошедшемся по миру, содержалось около 141 греческой и бактрийской монеты. Сообщалось о нескольких других кладах, но не публиковалось никаких подробностей, например, о находке около 1500 бактрийских монет в Ай-Хануме или его окрестностях в 1994 году.
Во всех случаях "Последние" экземпляры принадлежали Эвкратиду, а не его преемникам, вот почему падение Ай-Ханума было так тесно связано с этим царем. Что случилось с Ай-Ханумом, остается загадкой. Археологические находки указывают на то, что это место было внезапно заброшено в конце правления Эвкратида или ближе к нему. Если интерпретация Бернардом греческого меморандума из казначейства верна, то последняя достоверная административная деятельность в царском дворце произошла на двадцать четвертом году его правления (ок. 146 г. до н. э.). Когда греческие жители Ай-Ханума поспешно покинули его, в этой сокровищнице осталось на удивление много ценностей. В 71-й, 104-й и 109-й комнатах хранились полудрагоценные камни, произведения искусства и кувшины с монетами, а в 120-й и 126-й - дорогостоящие жидкости. Как только греки ушли, во дворце вспыхнул пожар, и сокровищница была быстро разграблена. Какое—то время местные жители жили и работали в кладовых, собирая сокровища, пока тоже не сбежали - возможно, перед лицом вторжения (второго?).
Город подвергся серьезным разрушениям: здания были снесены, колоннады срублены, а камень и кирпичи вывезены. В результате этих действий по мертвому городу были разбросаны предметы из сокровищницы, которые, по-видимому, были утеряны, заброшены или спрятаны теми, кто пришел после греков. Предполагается, что саки, кочевые захватчики, напиравшие с северо-востока, разграбили город вскоре после того, как греки бежали при их приближении. Свидетельства о битве при Ай-Хануме явно отсутствуют. В городе, массивные стены, на которые, по оценкам, израсходовали десять миллионов кирпичей и они трижды подвергались повторному укреплению, жители, по-видимому, испытывали кризис доверия, который еще предстоит должным образом объяснить. Затем несколько местных жителей вернулись, спасая то, что осталось, поскольку они без разбора поселились в обломках общественных и частных зданий. Последовало второе вторжение кочевников, на этот раз возглавляемое племенами юэчжи, потомки которых основали Кушанскую империю.
Этот следующий этап древней истории Афганистана можно увидеть на раскопках 1978-79 годов, проведенных Виктором Сарианиди и Земариалаем Тарзи в Тилля Тепе (“Золотой холм”), недалеко от Шибергана, к западу от Балха. Там, в пропитанном дождем земляном кургане, окруженном хлопковыми полями, был обнаружен ряд впечатляющих кушанских захоронений. Вместе с пятью женщинами и одним мужчиной, похороненными в некрополе, было захоронено более двадцати тысяч золотых предметов; этот клад прославился как бактрийское сокровище, о котором рассказывается на музейных выставках, в популярной литературе и документальных фильмах различного рода. Среди эклектичных коллекций погребального инвентаря были предметы из Индии, Китая, Парфии и Рима, а также из местных мастерских. На нескольких предметах были надписи на греческом языке, а украшения имели изображения нескольких греческих божеств. На одной из нагрудных украшений (которые носил мужчина) была изображена камея с изображением царя в шлеме, напоминающего Эвкратида. К сожалению, археологические работы в Тилля—Тепе — и по всему Афганистану - внезапно прекратились в 1979 году, как раз накануне катастрофической советской интервенции и последующей гражданской войны.
Эти бедствия не только остановили раскопки, но и привели к безжалостному разграблению памятников и музеев от Тилля-Тепе и Ай-Ханума до Балха и Кандагара. В течение следующих двадцати лет научные поиски исчезнувшей цивилизации Бактрии были практически невозможны. В сентябре 1982 года афганское правительство закрыло DAFA. В течение следующих десятилетий французы и другие исследователи переместили свои исследования в более безопасные районы к северу и западу от Афганистана, по иронии судьбы в такие регионы, как Бухара, которые были столь опасны во время "Большой игры". В течение многих лет российские археологи работали на объектах к северу от Амударьи (реки Оксус), таких как Ходженд-Ленинабад (древняя Александрия) и Самарканд-Афрасиаб (древняя Мараканда), где Василий Бартольд побывал до русской революции. Впоследствии интересы обособленной, централизованной советской археологии отличалась от западной, чьи “буржуазные” исследователи подвергались критике за восхваление империалистических вторжений древних народов в Центральную Азию. С точки зрения археологии, Александр Македонский и греки были в стороне, в то время как коренные народы были в центре внимания. Хорошо финансируемые советские миссии сместили свои приоритеты с “голой вещеведческой науки” на способы производства и вопросы этногенеза. Материальная культура Бактрии, особенно при кушанах, рассматривалась скорее как местный продукт, чем как импорт греко-римской цивилизации.
Распад Советского Союза в 1991 году серьезно сократил финансирование государственной археологии, однако обретение республиками Центральной Азии независимости создало новые возможности для проведения совместных экспедиций. Например, в Афрасиабе между первым и вторым сезонами раскопок франко-советская миссия превратилась во франко-узбекскую. Франко-узбекская археологическая миссия также проводила раскопки в Коктепе (в 19 милях [30 км] к северу от Самарканда), Термезе (на правом берегу Амударьи) и у так называемых Железных ворот (близ Дербента).; другие миссии, такие как Международная многопрофильная археологическая экспедиция в Бактрию, продолжают исследования по всей Сурхандарье и прилегающим регионам. Узбекская экспедиция под руководством Эдварда Ртвеладзе обнаружила эллинистический форпост в Кампыр-Тепе, который когда-то охранял переправу через Окс к западу от Термеза. Хотя часть этого места была затоплена рекой, находки включали многочисленные греческие надписи и монеты.
Дальнейшие раскопки, проведенные российскими археологами, выявили следы доспехов времен Эвкратида, напоминающих те, что были найдены в Ай-Хануме. В Тахт-и-Сангине (“Каменном троне”) российские археологи из Южно-Таджикской археологической экспедиции (1976-1991) обнаружили необычный склад оружия среди других предметов, связанных с храмом, посвященным реке Окс. В этом древнем музее военного снаряжения представлены составные луки с костяным покрытием, несколько разновидностей которых были обнаружены в 1976-1991 годах, а также множество наконечников стрел, копий, мечей, кинжалов, ножен, доспехов, шлемов и щитов. Нигде в мире не было найдено такой большой коллекции греческого оружия. Тем временем Международный проект "Мерв" продолжил начатую ранее работу многопрофильной археологической экспедиции Южного Туркменистана в Мервском оазисе. Эти раскопки прояснили историческое развитие стоянки Ахеменидов в Эрк-Кале и ее более крупного эллинистического преемника под названием Гяур-Кала, а также парфянских и сасанидских укреплений Гебекли-тепе. Находки монет, хотя и немногочисленные, напоминают по распределению те, что были обнаружены в Ай-Хануме и Тахт-и-Сангине, и могут указывать на то, что Эвкратид был последним греко-бактрийским царем, контролировавшим эти области.
Эти обширные археологические работы значительно расширили наши знания о расселении и землепользовании в эллинистической Согдиане и Маргиане, а также о передвижениях кочевых народов во время и после правления Эвкратида. Получившаяся археологическая картина представляет собой сеть укреплений, контролирующих северные подступы к Бактрии через Согдиану, что указывает на то, что древние считали эту границу опасной. На самом деле, археологические данные из Афрасиаба свидетельствуют о том, что греческая военная оккупация этого региона была прервана еще до правления Эвкратида. Нумизматические свидетельства могут подтвердить этот вывод. Раскопки крепости Курганзол в Сурхандарьинской области Узбекистана показывают, что эта греческая крепость была утрачена в конце III века до н.э. и не восстановлена.