Гены, расположенные в локусе агути, отвечают за распределение пигмента по телу животного. В этом локусе расположены следующие аллели: А, At и а.
Доминатный аллель А при наличии гена Е в процессе эмбриогенеза переключает часть меланоцитов на синтез рыжего пигмента. Помимо этого аллель А распределяет чёрный пигмент, концентрируя его в гриве, хвосте и нижней части ног лошади так, что получается гнедая масть.
Рецессивный аллель а распределяет чёрный пигмент по всему телу, приводя к образованию вороной масти.
Промежуточное положение занимает аллель At. Он распределяет пигмент чёрный почти по всему телу, за исключением небольших областей вокруг глаз, вокруг ноздрей, возле локтей и в паху, приводя к образования караковой масти.
Гены локуса агути доминируют друг над другом в таком порядке: A > At > a.
ЕЕАА, ЕЕАа, ЕеАА, ЕеАа, EEAAt, EeAAt — лошадь гнедая
EEAtAt, EEAta, EeAtAt, EeAta — лошадь караковая
ЕЕаа, Ееаа — лошадь вороная
Если аллель А и/или At присутствуют у рыжей лошади, они не проявляют себя, поскольку чёрного пигмента у такой лошади нет. Генотипы рыжих лошадей: ееАА, ееАа, eeAAt, eeAtAt, eeAta, ееаа.