При выборе подходящей для культивирования гриба среды следует учитывать, что один и тот же гриб для роста и накопления требуемого метаболита часто нуждается в разных средах. По консистенции различают жидкие и плотные среды. Плотные среды готовят, добавляя к растворам солей агар-агар (2-2,5%) или желатин (10-15%), а в случае необходимости увлажняют поверхность твердых предметов (опилки и т. п.) растворами питательных веществ.
Плотные среды употребляют для выделения грибов из естественных субстратов, получения культур из отдельных спор, определения количества спор и особенностей спорообразования, дифференциации грибов по характеру роста на плотных средах, изучения влияния света и температуры на рост грибов и влияния различных мутагенных факторов при селекционных исследованиях и т.д.
Сыпучие среды (зерно, отруби) используют для приготовления больших количеств спорового посевного материала.
Жидкие питательные среды применяют для качественного и количественного изучения потребностей грибов в питательных веществах в процессах роста и синтеза метаболитов. В жидких питательных средах определяют влияние рН-среды, микроэлементов, стимуляторов, ингибиторов и других веществ на биосинтетическую активность исследуемого гриба.