Исследователи доказали, что секвенирование генома позволяет установить диагноз пациентам с редкими моногенными заболеваниями, когда другие генетические тесты, например, секвенирование экзома, не дают результата. По словам учёных, благодаря секвенированию генома эффективность диагностики редких заболеваний возрастает на 8%. Результаты исследования опубликованы в журнале New England Journal of Medicine.
Команда учёных из Бостонской детской больницы (Boston Children's Hospital), Гарвардского медицинского института (Harvard Medical School) Онкологического института Даны-Фарбера (Dana-Farber Cancer Institute) и других учреждений проанализировала данные секвенирования генома пациентов из 744 семей: геномы были предоставлены Центром Менделевской геномики Института Броуда, Консорциумом по генетике редких заболеваний (Genomics Research to Elucidate the Genetics of Rare Diseases, consortium) и Проектом по изучению редких геномов (Rare Genomes Project). Большинству из этих людей не удалось поставить диагноз с помощью других генетических тестов, но благодаря секвенированию генома в 218 семьях были выявлены причины заболеваний.
«С помощью секвенирования генома были установлены диагнозы для 29,3% пациентов из крупной выборки с редкими заболеваниями (другие подходы, которые применялись ранее, не дали результата», – пишут соавтор исследования Моника Войчик (Monica Wojcik) и её коллеги из Бостонской детской больницы, Гарвардского медицинского института и Онкологического института Даны-Фарбера.
В ходе исследования в 61 семье были обнаружены варианты, включая сложные перестройки и изменение числа тандемных повторов, которые нельзя было выявить с помощью секвенирования экзома и других подходов. Новые диагнозы были установлены в 148 семьях, которым ранее проводили секвенирование экзома (в 94 случаях достаточно было сделать повторный анализ данных экзома).
«Мы зафиксировали несколько типов патогенных вариантов, которые сложно оценить при секвенировании экзома или использовании других стандартных методов генетического тестирования: небольшие структурные изменения, глубокие интронные мутации, экспансии тандемных повторов, варианты в регионах с высоким содержанием GC», – пишут авторы.
Для подтверждения полученных результатов были проанализированы геномы ещё 78 семей с редкими, предположительно моногенными, заболеваниями, их данные были предоставлены Институтом генетики человека при Медицинском центре Лейпцигского университета (Institute of Human Genetics at the University of Leipzig Medical Center). С помощью секвенирования генома удалось установить диагноз 33% семей, причём около 8% из них являлись носителями вариантов, которые не могут быть обнаружены с помощью других генетических тестов.
Большая часть выборки была представлена европейцами с нарушениями развития нервной системы, у части пациентов были диагностированы нервно-мышечные, гематологические и другие моногенные заболевания, также в исследовании приняли участие африканцы, евреи-ашкенази и представители восточноазиатского, ближневосточного, южноазиатского и смешанного происхождения.
«Полученные результаты подтверждают, что для диагностики редких заболеваний в качестве теста первой линии вместо секвенирования экзома или хромосомного микроматричного анализа стоит применять секвенирование генома. Это позволит обнаружить разные генетические варианты одновременно, например, патогенные мутации и изменения числа копий генов. Однако некоторые изменения генома, такие как соматический мозаицизм, невозможно оценить с помощью предложенного теста», – заключают авторы.
Источник: genomeweb.com