В период Великой Отечественной войны перед российскими вузами встают новые задачи. Томскому университету ввиду его географического положения выпала особая роль: организовать деятельность учёных, оказавшихся здесь в эвакуации. Руководил этой работой Борис Петрович Токин.
Борис Токин был свидетелем всех громких событий XX века: Революции, Гражданской войны, первых пятилеток. К моменту своего назначения в Томск он был выпускником МГУ, имел научные заслуги и солидный организаторский опыт.
«Он занимался просветительской деятельностью, вёл семинары в биологическом институте ТГУ. И так сложилось, что в годы Великой Отечественной войны возглавил Томский комитет учёных.» — доцент кафедры физиологии растений и биотехнологии ТГУ Ирина Головацкая.
Накануне войны в Томск, в крупнейший тогда научный центр Сибири, были эвакуированы несколько вузов и научных институтов России. Так, в университете оказались передовые ученые страны. Этим исследователям предстояло работать на нужды фронта. Для этого был создан Томский комитет учёных по содействию промышленности транспорта и сельскому хозяйству в военное время. Штаб комитета находился в здании СФТИ. С подачи председателя Бориса Токина институт теперь называли научным комитетом учёных-патриотов Томска. Это была первая подобная организация в Сибири. Позже комитеты появятся в таких городах, как Новосибирск, Кемерово, Новокузнецк, Омск.
Ещё до войны Борис Токин разработал учение о фитонцидах, веществах с антибактериальными свойствами, которые содержатся в растениях. Ученый предложил обрабатывать раны солдат с помощью вытяжки из лука и чеснока. Эту методику применяли во многих госпиталях во время войны. Даже на мировом уровне многие знакомы с действием фитонцидов. В народной медицине часто принимают лекарства из лука, чеснока, хрена или зверобоя для лечения гнойных ран. В Японии и ряде азиатских стран даже распространена терапевтическая техника «Купание в лесу», когда люди активно вдыхают фитонциды деревьев и растений, чтобы улучшить здоровье. За учение о фитонцидах Токин впоследствии получил Сталинскую премию, но это было уже в Ленинграде, куда он уехал в 1946 году. Томский же период он вспоминал как наиболее плодотворный период в своей карьере.
«Я прожил и проработал порядочный кусок своей жизни в Томске. Было нелегко, но и времена были интересные, и работа была интересная.» — Борис Токин.