История храма началась в 1649 году, когда на этом месте была построена деревянная церковь, которая, наподобие множества других московских храмов, была освящена в честь святого Николая Мирликийского. В том же столетии деревянный храм сгорел, а на его месте на средства прихожан в 1686 году был сооружён новый каменный храм. Как и старая деревянная церковь, храм именовался «на Щепах» по местности, называемой тогда Щепы, так как неподалёку располагался Государев дровяной (Щепной) двор, где изготавливались срубы для деревянных дворцовых зданий. Во время пожара 1812 года храм серьёзно пострадал, но быстро был восстановлен на деньги прихожан. Кроме того, в 1813 году сооружена колокольня. Храм простоял до 1934 года, когда был закрыт. Через несколько лет храм был перестроен почти до неузнаваемости, снесены купола и верхняя часть колокольни, а также ликвидировано церковное кладбище. Внутренние помещения храма использовались под производственные цеха, где в годы Великой Отечественной войны выпуск