В данном случае будет не совсем подмена, а, скорее, трансформация значения.
Сейчас его выводят от понятия неформальной кассы взаимопомощи, которую действительно создавали на многих советских предприятиях. Люди регулярно скидывались по рублю или даже 50 копеек, а потом нуждающийся мог взять из этой "черной кассы" деньги на покупку, например, мебели. Или участники какого-нибудь трудового коллектива в день получения зарплаты отчисляли некоторую сумму в «черную кассу», после чего этот приз разыгрывался и доставался кому-то одному.
Но остается непонятным смысл называния "черная". Почему не касса взаимопомощи? Оказывается, история чуть постарше будет.
В 1930-х годах, в период активной индустриализации, нужно было как-то воздействовать на прогульщиков и разгильдяев. Тогда трепетного отношения к нарушителям дисциплины не было, правил подачи обратной связи - упаси бог негативной, только корректирующей! - не существовало, а были простые и доходчивые приемы. Во дворе завода ставился отдельный домик, красился в черный цвет, и увешивался плакатами. Получали в нем зарплату только прогульщики, причем на виду у всего предприятия. Своеобразный позорный столб. Очень действенная штука была. Черная касса - в самом наипрямейшем смысле слова "здание кассы черного цвета".
Разумеется, никто к нему средь бела дня подходить не хотел, прятались, ибо стыдно. Так и сложилось сочетание спрятаться + касса черного цвета = тайная (от государства) касса, в смысле, налогов не платит.
