Несмотря на наказания, грабежи и насилия в Екатеринославе продолжались. Махно в ярости, у него конфликт с местным Екатеринославским комитетом КП(б)Украины.
На город наступает около 10 000 петлюровцев. Махновцы разбрелись по городу, около 1000 самых верных Махно бойцов охраняют захваченные боеприпасы, оружие, экспроприированные ценности из банков.
Никакой возможности для организации обороны у Махно нет. Приказывает брать самое ценное и уходить из города, оставив петлюровцам. Из города вырвалось около 200 человек во главе с батькой.
После поражения, Махно снова собирает армию из местных крестьян и отрядов анархистов со всей Украины.
Петлюровцы однако не наступают, так как заняты боями с большевиками в восточной Украине. Основную опасность представлял 1-ий армейский корпус Кавказской Добровольческой армии под командованием Шкуро.
Также проблемы доставляли вооружённые формирования немцев-колонистов, возникшие в 1918 году при содействии австро-германских оккупантов. Бои отличались жестокостью, пленных не брали обе стороны. Махновцы уничтожали немецкие хутора-колонии подчистую, вместе с детьми и другими мирными людьми.
Махно к этому времени уже повторно женат - на учительнице и убежденной анархистке Галине Андреевне Кузьменко.