Родился в семье крестьян из запорожского Гуляйполя 7 ноября 1888 года. Отец — Иван Родионович Махно (Михненко) (1846—1889) и мать Евдокия Матвеевна Махно (урождённая Передерий).
При крещении нарекли Нестором. То есть, возвращающимся. У крестившего священника загорелась хламида, что было воспринято присутствовавшими как дурной знак.
С конца августа 1906 года Нестор был членом «Крестьянской группы анархо-коммунистов». Ее организатор Александр Константинович Семенюта (1883—1910).
Участвовал в террористических актах и «экспроприациях». Нападали на богачей, почтовые кареты и государственные заведения. Награбили 20 000 рублей. Сам Нестор лично убил чиновника военной управы. За это его, в августе 1908 года и арестовали. Содержался в уездной тюрьме Александрова (Запорожье).
Группа анархистов в Гуляйполе разгромлена. На свободе оставался Семенюта. В феврале 1909 года убил пристава Караченцева. В 1910 году заблокировали в крестьянском доме. Подожгли хату. В огне и погиб, перед смертью неудачно застрелив супругу Марфу Пивневу. Та выжила, арестовали.
Сессией Одесского военного окружного суда от 22 марта 1910 года Махно и других анархистов приговорили к смертной казни через повешение. Повешение заменили на бессрочную каторгу. В 1911 году отправили в каторжное отделение Бутырской тюрьмы (Москва).