Бактериоскопическое исследование испражнений производят с целью дифференциации микробов на грамположительную, грамотрицательную, йодофильную и кислотоустойчивую флору.
Бактериологические исследования дополняют бактериоскопию, так как позволяют изучить морфологические и биохимические особенности микробов и идентифицировать их с помощью специфических серологических реакций.
Особое место в исследовании кала занимает обнаружение дрожжевых грибков рода Candida. Кандидамикозы получили широкое распространение в связи с частым применением антибиотиков. При этом происходит поражение слизистых оболочек желудочно-кишечного тракта этими грибками. Для их обнаружения небольшой кусочек кала на предметном стекле смешивают с 2 каплями 30% раствора КОН и, прикрыв его покровным стеклом, микроскопируют при большом увеличении. Наличие в препарате большого количества дрожжевых клеток, часто почкующихся и расположенных в виде гроздьев винограда с волокнистым, малосептированным мицелием, указывает на присутствие грибка. Точное установление рода грибка возможно лишь после специального микробиологического исследования.