После триумфального преодоления польских захватчиков в 1613 году, когда Москва вновь восстановила свою самобытность, земский собор избрал на трон нового царя - Михаила Романова. Однако война с Польшей продолжалась, и особенно страдал от ее набегов брянский край, где литовский пан Лисовский вел беспощадные атаки. В этот период старинный город Стародуб был сведен пеплом, а Почеп потерял почти всё население во время обороны. Орёл оказался разрушенным, а Карачевский крепостной комплекс едва уцелел - в нем осталось лишь 46 душ, а в посаде - всего три. Печальной картиной представлялись и другие города на Севере, как, например, Комарицкая волость, ставшая почти пустынной после набегов.
После заключения Деулинского перемирия в 1618 году российское государство приняло решение о строительстве нового острога и заселении его служивыми людьми в Севске, который приобретал все большее стратегическое значение как форпост на границе Русского государства с Речью Посполитой. Кроме того, волость продолжала беспокоиться набегами татар с территории степей.
Эта обстановка заставила власти обратить особое внимание на Севск.
Старые укрепления были восстановлены и расширены, крепость заполнили служилые люди и боеприпасы, превратив её в одну из самых неприступных русских крепостей.
Укрепление Севска было также обусловлено бегством запорожских казаков от польского правительства. Российские власти активно заботились о колонизации северной Украины и не выдавали запорожцев Польше. Свидетельством этому служит отчет игумена Афанасия, который в 1638 году сообщал о большом количестве запорожских казаков в Севске.
С этого времени начинает формироваться система сторожей, игравших ключевую роль в обороне Севска. Всего было установлено пять сторожей, размещенных так, чтобы обеспечивать максимальный обзор местности и реагировать на приближение врага.
Постепенно Севск становится одним из трёх главных центров военной обороны границы, вместе с Новгородом и Белгородом. Российское правительство организует постоянные военные корпуса ("полки" или "разряды"), приписывая к ним соседние города для набора рекрутов. Таким образом, начинается формирование трех полков: новгородского, белгородского и севского.
Благодаря притоку беженцев от преследований польского правительства и массовой миграции крестьян из центральных областей, Комарицкая волость была быстро заселена. В 1613 году недалеко от Севска был основан Спасо-Преображенский монастырь архимандритом Корнилием, прибывшим из Новгород-Северского. Начальные постройки монастыря, вероятно, были деревянными, но впоследствии были заменены кирпичными сооружениями. Монастырские стены образовывали внутренний четырехугольник с башнями на углах и башней-колокольней на западной стороне и были увенчаны высокими шатрами, имевшими такую же восьмиугольную форму. В целом, их вид напоминал скорее оборонительные сооружения, нежели декоративные элементы.
В первой половине XVII века гарнизон Севска состоял из небольшого количества военнослужащих. Например, в 1625 году в крепости было всего 498 человек. При поступлении тревожных известий в город призывались "даточные люди" из Комарицкой волости, которые должны были обеспечивать оборону Севска сменой каждые два месяца, пока не пришли новости.
В 1632-1633 годах, после истечения Деулинского перемирия, русское правительство пыталось вернуть потерянные территории. Севск был выбран в качестве сборного пункта для формирования военных отрядов под командованием воевод Плещеева и Болтина, с целью присоединения к основным силам воеводы М. П. Шейна. В Севске также оставался осадный воевода. Польские гарнизоны были уничтожены, но в целом война закончилась безрезультатно. Единственным возвращенным городом был Трубчевск, выкупленный за 20 тысяч рублей. В течение трех недель польские войска, под предводительством опытного полководца Иеремии Вишневецкого, осаждали Севск, но, столкнувшись с сильным сопротивлением, были вынуждены отступить.
Укрепляя систему обороны Московского государства, в Курске, Осколе, Валуйках, Воронеже, Ельце, Ливнах, Брянске, Рыльске, Путивле, Белгороде и Севске было размещено 13 991 человек осадных войск. Эти места, помимо функции обороны, также служили складами хлеба, соли, оружия, пороха и свинца. Каждое лето на юго-западной границе действовала подвижная армия из нескольких тысяч человек.
К концу 1630-х годов Русское государство стало подвергаться интенсивным набегам крымских татар. В 1637 году правительство начало подготовку к обороне, однако крымские татары опередили их и нанесли разрушительный удар по Комарицкой волости, где разграбили и сожгли множество деревень и сел. В 1638 году правительство приступило к восстановлению засечной черты протяженностью 565 верст и 4-29 саженей. Несмотря на предпринятые меры, в 1645 году крымские татары снова ворвались в Комарицкую волость, опустошив все на своем пути. Они были отброшены русским войском только под Карачевом. Татары использовали для своих набегов также известный им "Свиной шлях". Поляки также продолжали нападать, поскольку комаричане оказывали помощь украинскому и белорусскому народам в борьбе против польских панов.
В 1664 году Севск и его окрестности столкнулись с тяжелыми испытаниями. В 1663 году польский король Ян II Казимир достиг Карачева, а в начале 1664 года его войска дошли до самого Севска, установившись в селе Юшино. В результате были разорены не только Комарицкая волость, но и соседние уезды: Брянский, Карачевский и Трубчевский. Многие селения на продолжительное время опустели. Например, в селе Юшино во время переписи 1711 года не было обнаружено ни одного жилого дома.
Согласно Андрусовскому перемирию, Киев, Смоленск и Черниговско-Северская область перешли под контроль Российского государства. Однако, с юга Россию продолжали тревожить крымские татары. В 1668 году крымцы совершили нападение на Севск. 5 июля севскому воеводе князю Куракину пришлось выйти им навстречу и вступить в бой. Крымские войска были разбиты и отброшены в сторону Глухова, преследуемые стольником Дмитриевым. Бои происходили и в самом городе. Во время реконструкции Троицкого монастыря в 1847 году были обнаружены древние оружие, шлемы и человеческие кости. Место, где располагался монастырь, получило название "Татарского побоища".
Для обезопасивания себя от крымских татар, Россия организовала походы против Крыма в 1687 и 1689 годах. В этих походах участвовало девятитысячное ополчение из Севска. Севская крепость продолжала укрепляться, поскольку ей придавалось особое значение в обороне. Наиболее подробное описание города Севска относится к периоду между 1677 и 1698 годами.
Внутри города находился воеводский, или государев, двор, где проживали бояре, воеводы и различные службы. Центральная площадь называлась Красной. В городе были также деревянная Успенская церковь, караульная и приказные избы. В приказной избе хранились важные документы, такие как Уложение царя Алексея Михайловича и статьи о воровских делах.
Военные силы Севской крепости включали постоянные части войск, которые не отправлялись в походы. Эти войска охраняли город и обеспечивали его оборону, а также хранили большие военные и продовольственные запасы, предназначенные для армий, отправляющихся в походы. XVII век был периодом наибольшего военного значения для Севска.
Севский воевода занимал важное положение в иерархии начальников провинций. В 1683 году князь Голицын поселил в Севске московских стрельцов, которые участвовали в бунте в Москве и затем приняли участие в войне с Турцией. Возвращаясь через Севск, правительство решило задержать наиболее опасных стрельцов "на время, до указа", а затем отпустить их в Москву без ущемления их прав.
Одновременно с этим было приказано выселить семьи оставленных стрельцов из Москвы в Севск, чтобы они не встретились с возвращающимися в Москву. По прибытии семей в Севск им было объявлено, что "Великие Государи указали им на вечное жильё в этом городе", и им были выделены средства на строительство жилья, обеспечены продовольствием и утверждены в правах граждан, чтобы они не чувствовали себя обделёнными.
Этот процесс заселения стал началом формирования Сухаревой стрелецкой слободы. По переписи 1711 года в ней уже было 464 двора и 1510 жителей обоего пола, не считая тех, кто участвовал в походах.
В 1687 и 1689 годах князь Голицын возглавил крымские походы, однако не решился атаковать турецкие укрепления, опасаясь, что Россия не сможет выдержать войну с Турцией. Это отступление после свержения Софьи привело к его обвинению и приговору к лишению боярства, имущества и ссылке в Пустозерск.
Петр I возобновил войну с Крымом, но на этот раз основной удар был нанесен на крепость Азов. В это время севский и белгородский полки действовали в низовьях Днепра и удерживали часть крымских сил.
В 1700 году началась война с Швецией, и Петр I приказал устроить оборонительные работы вдоль линии Посков-Смоленск-Брянск, чтобы предотвратить проникновение шведских войск в глубь России. Этими работами руководил бомбардир-подпоручик Преображенского полка Василий Корчмин.
В начале XVIII века в Севске насчитывалось большое количество военных людей, более половины всего населения. Они получали жалованье и имели земельные наделы. Названия слобод, такие как Стрелецкая, Пушкарная, Солдатская, указывали на военное значение города. В переписи 1711 года было зарегистрировано 2007 дворов с 8336 жителями. В этот же год в город прибыло 4500 московских стрельцов с семьями, высланных за бунт.
Под руководством Петра I была проведена реформа армии. Севские рейтары в 1701 году получили земельные наделы и создали свою деревню. Город был важным пунктом в период войны с Швецией и имел особое значение для обороны России.
Петр I, обладающий высоким гражданским мужеством и чувством ответственности за судьбу русской земли, призывал своих воинов не думать о том, что они сражаются за него, а за государство, за Отечество, которое ему было вручено. Эта мудрая речь вдохновила русских воинов и битва под Полтавой завершилась полным разгромом шведов. В честь этой победы одна из стен Знаменской церкви в Севске была украшена сюжетами, напоминая севчанам о подвигах их предков.
Величественная эпопея 1812 года, Отечественная война против наполеоновских полчищ, ярко освещает героическое прошлое России. Севский полк, за боевые подвиги в этой войне, был награжден Георгиевским знаменем. Военные деяния этого полка и других частей русской армии, сформированных из рекрутов с Брянщины, были высоко оценены выдающимися полководцами, такими как Суворов, Кутузов, Столетов. Они считались одними из лучших в русской армии, особенно проявляя высокий боевой дух при защите рубежей Русского государства.
В период Крымской войны 1853-1856 годов, Севский пехотный полк также отличился в битве за Севастополь. Командир полка, генерал Хрулев, во главе с небольшим отрядом солдат, вел атаку на вражескую батарею, чтобы предотвратить обход Малахова кургана. Этот подвиг принес тяжелые потери, но положение было восстановлено.
Севский полк продолжал проявлять свою силу и мужество и в последующие периоды. В 1877-1878 годах он помогал братскому болгарскому народу освободиться от турецкого ига, участвуя в взятии и обороне Шипкинского перевала.