Инкерманский монастырь возник в VII-IX веках и существовал почти до 1485 года. Некоторые считают, что здесь бывал Андрей Первозванный. Монастырь был основан в Монастырской скале на берегу устья реки Черная. В монастырь входили 8 пещерных и наземных церквей, соединенные между собой ходами, жилые помещения, гостиница и хозяйственные здания.
Монастырь прикрывала крепость Каламита. Если подниматься от подножия скалы по лестнице, можно попасть в первую пещерную церковь св. Мартина, затем в небольшую часовню и, наконец, в пещерный храм св. Климента. Давнее поверье гласит, что в I веке н. э. император Траян сослал в Крым на каторжные работы римского епископа Климента. Виновный в проповедовании христианских идей, Климент остался верен себе и своей вере. Здесь, в инкерманской каменоломне, он сам возвел, а точнее высек в скале первую церковь. Вместе с учениками апостол Климент построил в Инкермане до 75 храмов и после смерти был причислен к лику святых.
В 655 году в Инкерманской пещере скончался сосланный сюда императором Константином II и тоже причисленный к лику святых римский папа Мартин. Монастырь стал действовать под именем Инкерманского скита святых Климента и Мартина. В советский период монастырь не действовал. Ныне монастырь возрожден.
До нашего времени сохранились пещерные церкви и кельи (все - искусственного происхождения). Стены церкви св. Климента хранят остатки орнаментальных и тематических фресковых росписей, рядом стоит церковь св. Мартина (1867 год).