Первичная цилиарная дискинезия и муковисцидоз имеют общий признак нарушения мукоцилиарного клиренса, что приводит к нарушению защиты дыхательных путей. Оба состояния характеризуются респираторным фенотипом рецидивирующей-хронической инфекции с прогрессирующим снижением функции легких, хотя у большинства больных муковисцидозом клиническое течение хуже, чем при первичной цилиарной дискинезии. Муковисцидоз представляет собой генетическое заболевание, при котором основные проявления обусловлены изменением функции регулятора трансмембранной проводимости муковисцидоза (CFTR), белка, который модулирует внеклеточное движение. Напротив, патофизиология первичной цилиарной дискинезии возникает в результате мутаций в нескольких генах, которые кодируют белки подвижных ресничек; очень сложные молекулярные процессы обеспечивают синхронное биение подвижных ресничек, что создает направленный ток жидкости у здоровых людей. Генетические мутации выявлены примерно у 65% людей с диагнозом первичная дискинез