Его целью провозглашалось «увеселение народа, наипаче же для лучшего обучения и искусства по водам и смелости в плавании».
Корабли Невского флота передавались безвозмездно высшим чиновникам, флотским офицерам, корабельным мастерам, Сенату, Синоду, Александро-Невскому монастырю, а также некоторым иностранным гражданам в наследственное владение, с условием самостоятельного поддержания судов в исправности.
Специальная инструкция, датированная 12 (23) апреля 1718 года, регламентировала деятельность флота. Члены флота обязывались каждое воскресенье (допускалось не более двух пропусков) выходить на своих судах в указанное место, назначенное комиссаром, и совершать плавания по Неве от двух до четырех часов (в зависимости от сезона). Также предписывалось являться на судне в любое время к обозначенному флагами месту по сигналу пушки.
После революции 1917 года Невский яхт-клуб, наряду с другими клубами столицы, был закрыт. Его здания перешли в распоряжение Петроградского морского клуба, который, получив статус профсоюзного, стал «водно-спортивной станцией» для юных жителей Васильевского острова.
Позднее, во второй половине двадцатого века, в этих стенах расположился яхт-клуб Ленинградской военно-морской базы.
