Несмотря на то, что самозванец был убит, на ситуацию в стране это не повлияло. Даже наоборот, только в Москве Лжедмитрия ненавидели, для остальной Руси он был добрым царем. Поэтому по стране пошли слухи, что Шуйский, дескать, трон занял незаконно, мол, Земской собор его не избирал.
А тут еще князь Шаховский вместе с Михаилом Молчановым преподнесли неприятный сюрприз московским властям – они смогли украсть царскую печать. И начали распространять весть, что царевич (Лжедмитрий) «чудесно спасся», а в подтверждение на все указы ставилась царская печать. В Путивль, воеводой которого был Шаховский, стал стекаться народ. И именно этот город в 1606 стал центром восстания под руководством Болотникова, назвавшегося «царским воеводой». А в 1607 году объявился и «чудесно спасшийся» царевич Дмитрий, известный в истории как Лжедмитрий 2, а также как Тушинский или Калужский вор.
На стороне последнего активное участие приняли и казаки. Они также считали Василия Шуйского не настоящим царем. Правда, у них был свой претендент на царский трон – «царевич Петр», сын царя Федора Ивановича. И пусть по настоящему этого «царевича» звали Илейка Муромец (или Илья Иванович Коровин) и избрали его на эту роль только за то, что он какое-то время жил в Москве и знал тамошние порядки.
Казаки также решили урвать свое в неразберихе, и пошли в набег по Волге с целью грабежа торговых караванов. А «царевич» им нужен был для придания законности своему походу. В путь «за зипунами» отправился отряд численностью в 4-тысячи человек. По пути к ним еще присоединилась часть астраханского гарнизона. Позже это войско присоединилось к войску Болотникова.
Но все же восстание Болотникова потерпело поражение. Причина поражения кроется в политике террора против дворян. Основу войска составляли бывшие холопы и крестьяне, они с удовольствием жгли барские усадьбы и казнили помещиков с семьями. Это оттолкнуло от Болотникова тех дворян, что его поддерживали. В декабре 1606 года войско Болотникова было разбито под Москвой. В июне 1607 года царские войска разбили войско «царевича Петра».
Остатки восставших во главе с Болотниковым и «царевичем Петром» хоронились в Туле, где с июля по октябрь 1607 года держали оборону против царского войска. Но все же вынуждены были сдаться – осаждавшие перегородили плотиной реку Упра, из-за чего она затопила Тулу. Шуйский обещал «не проливать кровь» сдавшимся. Правда, в живых оставили только дворян, всех остальных же казнили. Самозваного «царевича Петра» повесили, Болотникова утопили. Этой же казни подвергли и простых восставших, ведь царь обещал не проливать крови, вот он и выполнял свое обещание.
Казнь «царевича Петра» только озлобила казаков. Признав Василия Шуйского персональным врагом каждого казака, казачество решило поддержать Лжедмитрия 2.
Кстати, о последнем практически нет никакой информации. По одной версии это сын попа из Северской земли Матвей Веревкин. По другой версии, «чудесно спасшийся» царевич являлся сыном стародубского стрельца. Имеется еще и третья версия, кстати, самая популярная. Что это учитель Богданко из Шклова, еврей по национальности.
Поляков его происхождение не интересовало, им было все равно, кого сажать на русский престол, лишь бы пограбить побольше богатую Русь.
Атаманом донских казаков на тот момент был Иван Заруцкий, сторонник первого Лжедмитрия, встретился со вторым и прилюдно «узнал» в нем первого. После чего поздравил с «чудесным спасением», за что был удостоен чина боярина.
30 апреля – 1 мая 1608 года под Болховым произошло сражение войск самозванца и царя. Войско Лжедмитрия 2 одержало уверенную победу и стали лагерем в Тушино (откуда и прозвище Тушинский вор).
Шуйский предпринимал попытки лишить самозванца сил. К примеру, в июле он заключил договор с послами польского царя Сигизмунда Третьего. По нему польский король должен был отозвать всех поляков из войска самозванца, также обязывалось, что Мария Мнишек вернется в Польшу и не будет себя называть русской государыней.
Однако Шуйский не учел одного, что в Польше король не имел полной власти, он был лишь одним из многих. Польские дворяне не обязаны были его слушать, особенно имеющие огромную власть. Так что договор между русским царем и польским королем имел место быть, однако особой юридической силы не имел, по крайней мере, в глазах поляков.
Так, осенью 1608 года на помощь самозванцу пришел Ян Сапега, который по пути сумел отбить Марию Мнишек и привезти ее в лагерь Лжедмитрия 2. Между отцом Марии и Лжедмитрием прошли переговоры, итогом которых было следующее – Мария признает в нем своего «чудесно спасшегося» мужа. Только вот Лжедмитрий за это обязывался после занятия русского трона отдать будущему тестю 30 тысяч золотом и Северское княжество с 14 городами.
Так на Руси наступило двоевластие – два царя, Шуйский и Лжедмитрий 2. Первый сидел в Москве, второй в Тушино. И власти у второго было больше, точнее у поляков, стоящих за ним.
В это время Шуйский совершил несколько политических ошибок. Сначала он обратился за помощью к крымскому хану. И тот «помог» - присланное им войско разграбило окрестности Коломны и Серпухова, разграбило эти города и увело множество людей в полон. Отбить их не представлялось возможным – своего войска у Москвы практически не было, а казаками Русь была в ссоре. На голову Шуйского посыпались проклятия от своего народа за то, что «навел поганых».
Тогда царь обратился за помощью к шведам. Заключив с ними кабальный договор – Швеция обещала прислать войско, взамен же требовала отдать город Карелу со всем уездом, плюс огромную сумму за войско. Шведы прислали войско, только не свое, а европейских наемников, которые после первых сражений с поляками отказались от найма и вернулись обратно. Польский король воспользовался ситуацией и объявил Руси войну. Все дело в том, что Швеция и Польша находились в состоянии войны между собой. Здесь же Русь вышла союзницей шведам. Польское войско вторглось на территорию Москвы и осадило Смоленск. И лишь подвиг его защитников не позволил свершиться непоправимому – польской оккупации. Это, по мнению многих историков, привело бы к исчезновению Руси как отдельного государства.