Дневная напряженная работа института в первый месяц войны сменялась ночными дежурствами на крышах зданий — все чаще фашистские бомбардировщики прорывались к Москве. 22 июля одна из фугасных немецких бомб попала в склад строительных материалов во дворе, где хранилось большое количество краски, предназначенной для отделки нового здания по улице Павлика Морозова. Вспыхнул большой пожар, и пламя перекинулось на библиотеку в старом здании по Большевистской улице. Дежурные института вместе с подоспевшим вскоре отрядом МПВО сумели погасить пожар, однако часть помещений сильно пострадала — продолжать в них учебу было нельзя. Поэтому МГМИ временно перевели в здание бывшего Планового института, расположенное неподалеку. Тем временем на фронте сложилась очень тяжелая обстановка — в октябре 1941 г. немцы совсем близко подошли к Москве, и хотя их наступательный порыв практически иссяк, необходимо было отстаивать столицу любой ценой.
Для этого в Москве, пока к ней не подошли свежие сибирские дивизии, создаются полки народного ополчения, ставшие в октябре–ноябре основной силой на пути агрессора. Наш институт фактически уже представлял собой готовую воинскую часть, поэтому из студентов и некоторых преподавателей был сформирован настоящий пехотный полк из трех батальонов, переведенный на казарменное положение. Казармы эти находились на востоке Москвы, в районе автозавода им. И.В. Сталина (ЗИС, теперь — ЗИЛ). Личный состав полка напряженно готовился к боевым действиям, для него уже был выделен участок фронта в районе Волоколамска, куда в целях рекогносцировки несколько раз выезжали представители полка (в частности, будущий старейший и заслуженный профессор нашего Университета Л.Т. Матвеев, уже имевший опыт боевых действий в составе студенческого отряда Московского педагогического института).
По воспоминаниям В.Д. Степаненко, тогда студента института, а много позднее — заместителя директора ГГО, полк готовили не только для обороны Москвы за ее пределами, но и для ведения уличных боев в самом городе. С этой целью были сформированы три группы «крепких ребят», которых обучал приемам самбо (самозащита без оружия — чисто русский вид боевого искусства) сам основатель этого способа борьбы М.Х. Харлампиев.
Суровая действительность войны, беспощадная решимость властей поддерживать воинскую дисциплину и беспрекословное выполнение приказов в полной мере коснулись и нашего института, точнее уже полка. Вот что вспоминает об этом Л.Т. Матвеев: «Говоря о жесткой дисциплине, не могу не сказать об одном запомнившемся мне эпизоде. На очередном построении батальона комиссар задает вопрос: “Кто сомневается в нашей победе над врагом?”. Благодарение богу, никто не поднял руку…Уже позже, в Ленинграде, за чашкой чая тот самый комиссар рассказывал мне, что он был наделен полномочиями расстрелять перед строем любого, кто выскажет сомнение в победе». Современный студент вряд ли оправдает такую жестокость, но тогда вопрос стоял ребром: либо мы становимся рабами, как было предусмотрено в гитлеровской «Майн кампф», либо, не считаясь с жертвами, гоним и бьем фашистов…
