Независимые бурские республики имели свои собственные национальные знамёна, основанные на цветах голландского флага. После захвата республик Великобританией в ходе англо-бурской войны здесь был внедрён классический колониальный британский флаг – красное знамя с «Юнион Джеком» в верхнем крыже и местным гербом.
В 1910 г. был образован Южноафриканский Союз (ЮАС) – федерация британских Капской провинции и Наталя с бывшими бурскими республиками Трансваалем и Оранжевым свободным государством. Союз покоился на идее белого единства 20% населения – буров и англоязычных европейцев.
Однако не все буры были согласны на компромисс. Часть из них продолжали считать британцев оккупантами и стремились выйти из-под имперского контроля, используя средства законной политической борьбы. В 1924 г. по итогам парламентских выборов к власти пришла коалиция бурских националистов и лейбористов. Через два года Декларация Бальфура провозгласила британские доминионы автономными самоуправляющимися государствами, связанными с Великобританией лишь фигурой общего монарха.
Бурские националисты использовали это как повод для изменения символики Союза. В белом обществе начались ожесточённые дебаты. Англоязычные граждане требовали оставить «Юнион Джек», тогда как бурские националисты пытались полностью вычистить любое упоминание о Великобритании из государственной символики. Провинция Наталь даже угрожала выйти из Союза, если британское знамя будет удалено.
В конце концов, стороны пришли к компромиссу. «Юнион Джек» остался на месте. Но c 1928 года к нему добавили второе государственное знамя! Это был старый голландский «Флаг принца» с оранжевой полосой вместо красной. В центре этого большого знамени расположились маленькие флажки Великобритании, Оранжевого свободного государства и Трансвааля. Наиболее радикальные бурские националисты остались недовольны и именовали этот флаг не иначе как «Флагом с коростами» («Scab flag»), которые рано или поздно всё равно отпадут.
Националисты уступили власть сторонникам союза с Великобританией на период Второй мировой войны, но вернулись по итогам выборов 1948 г. Тогда же они приступили к реализации политики апартеида – законодательному разделению всех частных и общественных сфер жизни по расовому признаку.
Одновременно правительство возобновило усилия по окончательной сепарации от Британской империи. В 1957 г.«Юнион Джек» лишился своего государственного статуса. В 1961 г. по итогам референдума Союз был преобразован в республику (ЮАР). Премьер-министр Хендрик Фервуд, который являлся радикальным англофобом, планировал заменить и «Флаг с коростами». По его указанию был разработан проект нового трёхцветного знамени с вертикальными, а не горизонтальными полосами. Посередине была изображена антилопа, скачущая над цветками протеи – национальным растением страны. Но в 1966 г. Фервуда убили, а его преемники решили не злить англоязычных граждан и лишний раз не раскалывать белое сообщество.
В итоге столь нелюбимый бурскими националистами флаг просуществовал вплоть до 1994 г. и оказался накрепко связан с их политикой апартеида. После демонтажа режима был принят новый шестицветный флаг, который совместил в себе цвета знамён Великобритании, Нидерландов и Африканского национального конгресса.
На протяжении последующих 25 лет использование старого «Флага апартеида» никак не регулировалось. Некоторые африканеры стали воспринимать его как символ своей национальной идентичности, но одновременно флаг обрёл популярность среди всевозможных правых радикалов, горюющих об «апартеиде, который мы потеряли».
В 2019 г. южноафриканский суд по делам равенства признал демонстрацию «Флага апартеида» незаконной как «разжигающую межрасовую ненависть» за исключением тех случаев, когда он используется в академических, публицистических, художественных, исторических или музейных целях. В 2023 г. это решение было подтверждено Верховным апелляционным судом страны.