Мечеть была построена в 1268 году по приказу мамлюкского султана аз-Захира Бейбарса.
Этот мамлюкский султан сыграл важную роль в установлении дипломатических отношений между Египтом и Золотой Ордой в середине XIII века. Главной целью союза явилось желание двух государств нивелировать роль Хулагуидского государства на международной арене. Важной составляющей дружественных взаимоотношений явился и тот факт, что по происхождению сам Бейбарс был из кыпчакских племен.
Несмотря на различные сведения средневековых арабских авторов о том, к какому роду принадлежал Бейбарс, согласно данным его основного биографа Ибн ʻАбд аз-Захира Бейбарс происходил из рода Барлы. Личность Бейбарса оставила свой след не только в истории мамлюкского Египта, но и во всемирной истории мусульманского мира. В отношении взаимосвязей Бейбарса с золотоордынским ханом Берке большую роль сыграло как продвижение своих политических интересов, так и сохранение культурной идентичности.
Основную часть информации о Бейбарсе можно почерпнуть из сведений средневековых арабских летописцев, современников Бейбарса и его приближенных. Можно выделить имена двух авторов, произведения которых посвящены описанию биографии мамлюкского султана Бейбарса: «Сира аз-захир Бейбарс» (“Жизнеописание Захира Бейбарса”) Мухаммада бин ʻАли Ибрагима бин Шаддада ал-Халяби (ум. 1286) и «Ар-рауда аз-захир фи сира ал-малик аз-Захир» (“Видный сад в жизнеописании ал-малика азЗахира”) Мохи ад-дина ʻАбдуллаха бин ʻАбд аз-Захира бин Нишвана ал-Хазами ал-Масри (ум. 1292).
В 1261 году Бейбарс написал первое письмо золотоордынскому правителю Берке, которое отправил через аланских купцов. После прибытия в Каир первого отряда татар – воинов хана Берке, султан Бейбарс направил официальное посольство в Золотую Орду, во главе которых стоял эмир Сейфетдин Кушарбек и правовед Меджеддин, с которыми отправились и два человека из прибывшего в Египет отряда татар. С письмами были отправлены дорогие подарки, Коран и родословная халифа, род которого восходил к самому пророку Мухаммаду, также родословная самого Бейбарса. Тем самым Бейбарс как бы подчеркивал важность объединения сторон под знаменем ислама, а собственная родословная была отправлена с намеком на установление не только сугубо дипломатических, но и дружественных отношений. Бейбарс был наслышан о том, что Берке принял мусульманство от рук хорезмийского шейха Сейфетдина ал-Бахарзи, и именно это вызвало у него особое почтение к хану Берке. Никто из последующих золотоордынских ханов не получил столь уважительного отношения со стороны мамлюкских султанов. Налаживая тесные дипломатические и дружественные отношения с Золотой Ордой, Бейбарс желал найти новый маршрут для осуществления товарооборота и поступления воинов для мамлюкской армии. Поэтому султан Бейбарс большое внимание уделял увеличению и укреплению своего войска, в том числе и посредством торговли с Золотой Ордой. Средневековый арабский летописец Ибн Шаддад писал, что «документы, подписанные Бейбарсом, которые находились в руках купцов, странствующих по кыпчакским землям, освобождающие их (от налогов) за экспорт и импорт, действовали где бы они не останавливались из (территорий) дома Берке и Менгутемира, а также стран персов и керманов».
Во времена правления султана Бейбарса было осуществлено 8 дипломатических посольств.
Бейбарс правил в Египте в течение 17 лет, был похоронен в Дамаске (тогда Египет и Сирия были объединены в одно государство). В Каире до сих пор сохранены архитектурные памятники, построенные в его эпоху. Это медресе и мечеть Бейбарса.
Что касается истории отреставрированной мечети, подробное описание ее привел один из известных средневековых арабских историков ал-Макризи. В своем сочинении «Хитат», посвященном описанию кварталов и памятников средневековой эпохи, он писал, что Бейбарс сам выбрал место для постройки мечети площадь Каракош. Султан заказал мраморные колонны со всей страны, приказал привезти инструменты из железа и дерева для отделки входов, потолков. Ал-Макризи также связывал строительство мечети с разрушением цитадели крестоносцев создавая тем самым контекст в котором Бейбарс пытался продемонстрировать свою собственную власть, разрушая старый режим. Ал-Макризи писал, что Бейбарс забрал для себя все дерево из цитадели вместе с любыми мраморными панелями, которые были найдены внутри нее и приказал использовать эти материалы в своей собственной мечети. Таким образом, Бейбарс обеспечил себе прочное благочестивое основание и продемонстрировал религиозную и политическую власть мамлюков. Когда строительство мечети было завершено, Бейбарс остался доволен ее великолепием и пожертвовал землю вокруг мечети в качестве вакфа, который приносил бы доход. Таким образом, текст ал- Макризи объясняет не только исторические подробности о мечети аз-Захира Бейбарса, но и дает более широкий взгляд на понимание контекста, в котором активно использовалось здание.
После правления бахритских мамлюков мечеть была заброшена и использовалась для различных целей, так во времена оккупации Египта Наполеоном (1798-1801) она использовалась как военный форт и штаб-квартира, получившая название Форт Сулковский. Затем она использовалась как казарма для сенегальской общины во времена Мухаммада Али (первая половина XIX века).
Позже она использовалась как мыловаренный завод и пекарня. Во время британской оккупации она использовалась как армейский склад, а затем как скотобойня. При правлении короля Фуада она была превращена в общественный сад. Мечеть оставалась заброшенной в последние годы, пока в 2007 году не начался крупный проект реставрации мечети. Мечеть вновь открылась 4 июня 2023 года.