С постепенной экспансией Русского царства власти начали сталкиваться с тем, что самостоятельность казаков приносит империи слишком много проблем.
Земли в низовьях Днепра долгое время оставались малозаселёнными и не находились ни под чьей юрисдикцией. Когда в эти места начал стекаться окрестный беглый люд, точно неизвестно; отдельные небольшие сечи возникали здесь уже в 15-м веке. Считается, что впервые они объединились в Запорожскую Сечь в первой половине 16-го века.
В 17-м веке польский гнёт на Юго-Западной Руси стал невыносимым, с принятием церковной унии поляки-католики начали ещё больше угнетать местное православное население. Это приводило к многочисленным бунтам, жестоко подавлявшимся поляками. В ходе очередного восстания гетман Богдан Хмельницкий обратился к России с просьбой о протекторате. После Переяславской рады 1654 года, на которой было принято решение о присоединении территории Войска Запорожского к России, запорожцам как одному из военных формирований стали платить официальное жалованье.
Наиболее сложный период в отношениях между Россией и запорожскими казаками начался в первые годы 18-го века. Атаман Константин (Кость) Гордиенко хотя и не любил гетмана Мазепу, поддержал его измену и привёл на помощь к шведскому королю несколько тысяч запорожцев.
Опасаясь предательства Сечи, ещё до победы в Полтавской битве Пётр I приказал её разорить. 11 мая 1709 года крепость запорожских казаков на берегу реки Чертомлык была взята и полностью разрушена. Фактически Сечь была уничтожена, хотя многочисленные группы казаков смогли бежать в Крым. Оттуда они писали Петру письма с просьбами о прощении, но эффекта эти письма ни при Петре, ни при Екатерине I не имели.
Лишь при малолетнем Петре II и Анне Иоанновне ситуация начала меняться. Новый кошевой атаман Иван Малашевич в 1729 году направил в Санкт-Петербург очередное письмо, в котором просил принять запорожцев в российское подданство. Спустя четыре года, когда запорожцы по приказу крымского хана двинулись к русской границе, их встретил генерал Иоганн фон Вейсбах, который вручил им грамоту Анны Иоанновны. В ней императрица простила все измены и официально взяла казаков под протекцию России.
Запорожцы смогли организовать новую Сечь — она, как в былые годы, получала от Петербурга жалованье и снабжение. В ответ на требование Крыма вернуться под его знамёна казаки пошли походом на ханство. Окончательный разрыв с вассалом Османской империи позволил казакам вернуть своё самоуправление. Но ненадолго.
Ещё при Петре имперские войска начали возводить укрепления на казацких землях (что, собственно, и вызвало решение атамана Гордиенко перейти на сторону шведов). При Анне Иоанновне строительство укреплений и военных постов на территории Сечи продолжилось, причём в тайных документах прямо называлась их цель: для слежки за запорожцами. В начале 1750-х Сечь перевели под контроль Сената. Примерно в то же время начало уменьшаться финансирование. Наконец, 19 июля 1753 года появилась грамота Елизаветы Петровны, запретившая казакам самостоятельно избирать кошевого атамана.
В 1775 году, после восстания Емельяна Пугачёва, Екатерина приказала полностью ликвидировать Сечь.