Доброго времени суток, уважаемые читатели данного блога. При прочтении ранее опубликованных статей, наверняка у Вас в голове возникли вопросы типа: “О чем будет данный блог?” “Как он будет в дальнейшем развиваться?” “К чему данный приведёт в будущем?” . В данном посту будут представлены ответы на данные вопросы
Основная миссия и мотивация ведения данного блога
Основной миссией данного блога является просвещение читателей различного профессионального уровня и возрастов, имеющие области интересов в области химии, биологии, биотехнологии, вычислительной химии, в возможностях, подходах, методах и решениях, которые позволят заинтересоваться данной области науки. Если среди читателей встретятся исследователи постараюсь контентом данного блога в заинтересовать в применении подходов, методов, инструментов, используемые в области хемоинформатики и смежных с ней областях, которые позволят посмотреть на исследуемые проблемы и вопросы с иной точки зрения.
Специфика раскрытия тематики данного блога
Будучи педагогом дополнительного образования после несколько лет работы со школьниками различных возрастов, подготовки их к реализации проектов в области проведения анализа качества и в области агробиотехнологии (с данными результатами Вы можете ознакомиться здесь и здесь), то пришёл к выводу, что заинтересовать школьников можно путём предложения погрузиться в вопрос, который их волнует, которые они заинтересованы решить, получить какой-то результат.
Часто бывает в жизни, что ценность полученного результата эквивалентно пройденному пути, который было необходимо пройти в течение времени. К тому же, если человек всерьёз вознамерился достичь каких-то результатов в деле независимо от количества и уровня вызовов с которыми он столкнётся, то это лишь свидетельствует о смелости. решимости человека действовать вопреки всем обстоятельствам и трудностям. Именно через преодоление испытаний формируется и развиваются новые стороны личности . В конечном счёте подобное поведение человека при детальном рассмотрении не может не вызывать у окружающих чувства здорового восхищения или в крайнем случае обратить на него внимание, сделать какой-то знак признания его заслуг.
Поэтому в серии следующих постов на этом канале будет продемонстрирован пример реализации небольшого проекта в области хемоинформатики и вычислительной химии. Темой проекта будет исследование механизма и кинетики протекания биохимических реакций с использованием методов хемоинформатики и вычислительной химии
Почему была выбрана данная тема проекта?
Отвечу просто. Несколько лет назад, в ходе учёбы в университете, случайно столкнулся с одной программой мультифизического моделирования физических процессов - программой COMSOL Multiphysics. И после ознакомления с потенциальными возможностями программы возникла такая мысль: “А почему нельзя использовать инструменты мультифизического моделирования для того чтобы моделировать и исследовать физико-химические и биологические процессы, притыкаемые в биореакторе на биохимическом уровне, на клеточном уровне и в масштабах ёмкости биореактора. В конечном счёте, реализация данной модели позволит оптимизировать протекания технологического процесса путем установления соответствующих значений совокупности внешних параметров технологического процесса. Казалось бы всё просто, вбей известные уравнения и параметры модели, дай программе рассчитать и вуаля “Всё готово”. Но не всё в жизни так просто. И тогда на тот момент, пришлось столкнуться с отсутствием информации, в частности не было известно, с помощью какой цепочки биохимических превращений получаются те или иные продукты клеточного метаболизма, а также кинетические константы скорости.
Долго блуждал по интернету в поисках ответов на свои вопросы, тогда ответы были одного плана, глубина содержания ответов которых не соответствовало моим запросам. И тогда я понял, что может дело в том, что нужно искать ответы в других научных областях. и материальных ресурсов для её экспериментального определения. Тогда предполагал, что существуют какие-то вычислительные методы, которые находят константы скорости протекания химических реакций. И в конечном счёте познакомился с такими междисциплинарными направлениями как хемоинформатика и вычислительная химия.
Формат представления контента
По своему формату процесс реализации данного проекта будет представлять собой дневник исследований, в котором будут теоретические записи, контекстные обучающие материалы, заметки, рассуждения, сценарии проведения поисковых исследований а также листинги программного кода на языке python данного проекта. Ведь ничто так не поучает человека, как изучение чужого опыта. При написании данных строк я не знаю, к чему приведёт данное начинание, поэтому слегка волнуюсь. Приглашаю Вас пройти вместе со мной пройти путь реализации данного проекта.
