Корабль обнаружили военно-морские силы США. Единственным живым существом на судне была собака. Последняя запись в бортовом журнале датировалась 26 сентября, когда "Рубикон" заходил в Гаванский порт.
Корабль находился в отличном состоянии, но на нём отсутствовали все спасательные шлюпки. Личные вещи членов экипажа также находились на своих местах, в отличие от самого экипажа.
В 1944 году основной версией стал внезапно налетевший шторм, заставивший команду экстренно эвакуироваться на шлюпках, позабыв даже собаку. В результате шторма шлюпки унесло в море, где они и без вести пропали. Однако, как и всегда в подобных историях, есть ряд логичных вопросов.
Помимо живой собаки на борту, странным было и то, что последняя запись в бортовом журнале была сделана почти за месяц до загадочного исчезновения. Объяснить это забывчивостью экипажа едва ли представляется возможным — таких вольностей с ведением документов не допускают даже командиры торговых и прогулочных судов, не говоря уже о военных.