Среди захороненных в Церкви - родители царицы Евдокии Лопухиной, первой жены Петра I - Устинья и Федор. Тут есть и прах племянника царицы - генерал-аншефа В.А.Лопухина, погибшего в сражении при Гросс-Егерсдорфе (1757). Еще здесь покоится двоюродная сестра Императрицы Анны Иоанновны - графиня Е.И.Головкина (урожденная княгиня Ромодановская, 1702–1791). Как раз цокольный этаж церкви и есть место захоронения представителей боярского рода Лопухиных.
Изначально строили церковь во имя Чуда Архистратига Михаила в Хонех и вероятнее всего это было во временя Бориса Годунова (до 1605 года). Первое же упоминание о ней имеется еще до 1619 года, но после этого первого упоминания о ней последующее целое столетие ничего не известно.
Изначально церковь Архангела Михаила была деревянной, но пожар 1688 года в Заяузье ее уничтожил. Пожар был очень сильным и почти все спалили в этой местности. Именно после этого пожара в Спасо-Андрониковом монастыре началось обширное строительство и вместо деревянных зданий возводили каменные.
А вот дошедшая до наших дней церковь из камня строилась по ходатайству архимандрита Арсения где-то в 1689-1690 гг. И уже в мае 1691 года в церкви Архангела Михаила хоронят мать царицы Евдокии.
Саму церковь построили вплотную к Трапезной палате, южную стенку даже вровень со стеной трапезной, которая была шире церкви. Такая конструкция объясняется тем, что с восточной стороны трапезной ко второму этажу существовала дверь и в то время скорее всего сюда вела наружная лестница. Помещение трапезной располагалось на втором этаже, вот к нему и пристроили церковь Архангела Михаила.
Архитектура церкви типична для времени в которое она строилась. Здание двухэтажное с кубическим основанием в виде четверика, а завершается восьмигранником и главкой с крестом.
Церковь Архангела Михаила входит в ансамбль Спасо-Андронникова монастыря.