После начала Александрийской войны Цезарь вызвал в Египет весь флот, вытребовал стрелков с Крита, конницу от набатейского царя Малха и приказал отовсюду доставлять метательные машины и присылать хлеб.
Его противники в Александрии также подготовились к сражению и насыпали валы везде, где были бреши. К тому же в городе все здания были каменными, что затрудняло их разрушение осадными орудиями. При этом египтяне все как один выступили против римлян так как считали, что те пришли их завоевать.
Однако по приказу младшей сестры Клеопатры - Арсинои был убит глава восстания Ахилл. Заместо него командующим поставили евнуха Ганимеда.
Цезарь решил проблему с соленой водой, велев отрыть колодцы. Затем в коротком сражении его флот победил египетский - египтяне узнали, что Цезарь вышел в море и попытались захватить.
Но александрийцы быстро восстановили свои потери в 110 кораблей, так как на верфях у них были законсервированы уже построенные корабли.
Пользуясь превосходством в числе своего флота александрийцы напали на укрепления римлян. Нападение с моря и суши было таким внезапным, что легионеры не выдержали и бросились в бегство. Сам Цезарь еле спасся.
Вскоре однако из Азии на границу с Египтом прибыли легионы под командованием Митридата. Он захватил важную пограничную крепость Пелусию и стал продвигаться к Александрии.
Цезарь пошел навстречу Митридату. Войска соединились и вместе атаковали лагерь противников. Те бежали. После этого, римляне вернулись в Александрию и приняли капитуляцию горожан. Новыми царями Египта Цезарь поставил Птолемея и Клеопатру.