После смерти царя Фёдора Алексеевича (1676-1682) претендентами на престол были 16 летний Иван (второй сын Алексея Михайловича от первой супруги Милославской, считался слабоумным и болезненным) и 10 летний Пётр (сын Алексея Михайловича от второй жены Нарышкиной, любознательный и здоровый).
По предложению патриарха Иоакима, поддержанного частью бояр, царем провозгласили Петра. Пришедшие к власти Нарышкины не смогли организовать правительственные дела, бездарные братья царицы стали хватать чины и должности. В это время нарастало недовольство стрельцов, годами не получавших жалование, которые 30 апреля потребовали на расправу своих командиров - начался Стрелецкий бунт 1682 г.
В середине мая 1682 г. ворвавшись в Кремль (под предлогом якобы убийства царя Ивана), стрельцы убили боярина Матвеева, Долгоруких, Нарышкиных, некоторых приказных дьяков, стрелецких начальников. Софья Алексеевна, умная и энергичная женщина, решила прийти к власти, воспользовавшись недовольством стрельцов, опираясь на клан Милославских, кн. Голицына В.В. и Хованского И.А. (глава стрелецкого приказа). В итоге по желанию стрельцов первым царем стал Иван, вторым – Пётр, а Софья – регентом при них. 25 июня 1682г. обоих царей венчали на царство в Успенском соборе Кремля.
Во время стрелецкого бунта активизировались старообрядцы, предлагавшие отменить «Никоновские новины» и провести публичный диспут о вере в Москве. Их всячески поддерживал кн. Хованский, используя старообрядцев как своеобразный рычаг давления на правительство. Теологический диспут провели в Грановитой палате. Официальную церковь представлял патриарх Иоаким, старообрядцев – Никита Пустосвят (священник из Суздаля). Спор свелся к взаимным оскорблениям и обвинениям в ереси. В итоге Никита Пустосвят был казнен, остальных раскольников спас Хованский, ставший для Софьи врагом, т.к. открыто пошел против государственной власти.
Софье необходимо было избавиться от опеки стрельцов (так называемая "Хованщина", когда стрельцы контролировали деятельность власти), для этого, под предлогом богомолья, вся царская семья уехала под Троице-Сергиев монастырь в с. Воздвиженское, куда были приглашены Хованские отец и сын, там их схватили и тут же казнили за измену. Лишившись руководителей, стрельцы повинились и клялись верой и правдой служить Софье. Наталья Кирилловна с сыном Петром не стали возвращаться в Москву, считая ее небезопасной, а поселились в подмосковном селе Преображенское под защитой верных людей.
Пораженная количеством старообрядцев в составе ближайших к трону стрелецких войск (да и в Москве в целом, что могло стать базой для роста социального и религиозного недовольства), Софья (с рекомендации патриарха) продолжила борьбу с расколом на законодательном уровне, приняв в 1685 г. «12 статей». Степени наказания для старообрядцев (раскольников) и их пособников в этих статьях были очень серьезными: самой тяжелой была казнь в виде сожжения живых людей в срубе (людей категорически отказывающихся отречься от своих убеждений). Далее по степени тяжести шли пытки, монастырское заключение, избиение батогами (палками), конфискация имущества. Тысячи старообрядцев по этим статьям были подвергнуты наказаниям.
Таким образом, политический кризис начала 1680-х годов носил серьезную религиозную окраску, в ходе которого старообрядческие деятели из стрелецких кругов во главе с кн. Хованскими пытались смягчить/отменить "Никоновские новины" сер. XVII в. Однако царское окружение одержало победу в этой борьбе, что привело к усилению гонений и продолжению противостояния раскольников и центральной власти.