Занятно как непохожие по формообразованию слова по сути созвучны и означают схожие предметы.
Шкварки (мелкие зажаренные кусочки жира) с нами издавна и происходят от шквара, что от сквара - все старые слова. Для сравнения та же сковорода. Все сводится с звукоподражанию жарки.
А история кварка (мельчайшая единица материального мира), как научного термина, вообще несерьезна. Просто автор, физик Гелл-Ман, увидел у писателя Джойса это слово и все.
Послесловие: ну, собственно, и должное определение зашквара - это измараться в процессе готовки, жарки. Так же шкварами можно именовать аморалов.