Монастырь расположен в местности под названием Перерва, потому что русло Москвы-реки здесь меняло свое место. Старое русло переставало быть проточным, и течение реки в старом русле прерывалось.
Дата основания Николо-Перервинского монастыря не известна. Впервые он упоминается в документах 1623 года (это записи про маленький деревянный храм Святителя Николая и живущих при нем двух старцев с игуменом). Есть легенда, что Николо-Перервинский монастырь был основан во время Куликовской битвы.
С середины 17 века уже началось каменное строительство, а в конце 17 столетия патриарх Адриан решил использовать монастырь в качестве летней резиденцией.
Семинарию при монастыре открыли в 1770-е, а вскоре для семинаристов возвели первый двухэтажный корпус. В обители останавливалась Екатериной II во время своего знаменитого путешествия в Крым. В 18-19 веках к монастырю приписали несколько московских часовен.
При советской власти в 1922 году было вывезено из монастыря более 9 пудов утвари из драгоценных металлов во время кампании по изъятии церковных ценностей. В 1928 году распускают братию, хотя до 1940 года церковные службы в Иверском и Никольском соборах продолжались. Потом стали использовать монастырскую территорию под склады, а в 1948 году организовали металлоштамповочный завод в храме Святителя Николая, а потом и фабрика по производству игрушек появилась здесь.
Из-за работы гальванического цеха сильно пострадали кирпичная кладка и своды соборов. Долгое время в монастырских зданиях вообще не было ремонта, поэтому крыши, оконные проемы и перекрытия оказались полуразрушенными. В нормальном положении была только нижняя часть монастырской колокольни потому, что в ней размещались кабинеты начальства.
В 1991 году в Николо-Перервинского монастыре возобновили богослужения. К этому времени старинные здания выглядели ужасно, но люди занялись восстановлением святыни.
