Никто не знает происхождение выражения «шарашкина контора». Но в разное время в разных контекстах это выражение имело немного разный смысл, и версий происхождения есть несколько.
Например, существовало диалектное слово «шарань», означавшее буквально «сброд». Есть версия, что прилагательное «шарашкина» произошло от него, как и слово «шарага». Кстати, в Большом толковом словаре под редакцией Кузнецова выражение «шарашкина контора» упоминается как полный синоним слова «шарага». А последнее в свою очередь по разным толковым словарям означает совершенно разные вещи: от «беспокойного человека» и «кривляки, ломаки» до привычного нам «учреждения, занимающегося чем-то ненужным».
Другая версия заключается в том, что в 20-х годах жил нэповский недобросовестный предприниматель Шарашкин, и в качестве собирательного образа его фамилия превратилась в нарицательное слово. Насколько нам известно, эта версия ничем не подтверждается.
Выражение «шарашкина контора» приобрело трагическое значение в 30-х годах. В годы индустриализации началась массовая борьба с «вредительством». Во многом эта борьба сводилась к репрессиям по отношению к научно-технической интеллигенции.
Ученые и конструкторы были нужны стране, поэтому многие из них отправлялись вместо обычного лагеря в так называемые «шарашки». В толковом словаре Ушакова 1935 года слово «шарашка» означает «твердый предмет, палка, которой можно бить». Так же назывался 4-й спецотдел НКВД, где ученым предоставлялись в среднем менее жесткие условия, чем у других репрессированных, и где они работали над поставленными руководством задачами в специально оборудованных секретных лабораториях. Ликвидация «шарашек» началась только после смерти Сталина.
Через «шарашки» прошли многие выдающиеся ученые, например, Сергей Королев и математик Александр Солженицын. Именно Солженицын популяризировал слово «шарашка» в лагерном значении в своем автобиографическом романе «В круге первом», написанном в 50-х.
Многие полагают, что именно от жаргонного названия таких лабораторий в язык вошел этот фразеологизм. Однако эта версия опровергается тем, что еще в 1924 году, за несколько лет до появления ГУЛага, Борис Губер написал и опубликовал книгу под названием «Шарашкина контора».