Дело в том, что просто абстрактного "в комнате" в японском нет. Давайте запомним одну вещь: расстановка падежей зависит от глагола!
Мы не сможем поставить правильный падеж, пока не узнаем, какой в конце стоит глагол (вы же помните, что глагол всегда в конце?).
Итак, глаголы можно разделить на две категории - это "глаголы бытия" и "глаголы активного действия".
Глаголов бытия не так много. Это います (imasu, быть - об одушевленных)、あります (arimasu, быть - о неодушевленных) и 住んでいます (sunde imasu, жить, проживать). В случае этих трех глаголов мы употребим с местом падеж に.
部屋に猫がいます。 (Heya ni neko ga imasu.) В комнате есть кошка.
先生は教室にいます。 (Sensei wa kyoushitsu ni imasu.) Учитель находится в аудитории.
私は東京に住んでいます。 (Watashi wa Toukyou ni sunde imasu.) Я живу в Токио.
С некоторыми оговорками можно сказать, что все остальные глаголы относятся к "глаголам активного действия" (с оговорками - потому что есть еще, например, глаголы движения, но это уже совсем другая история). Любое действие - кушаю, занимаюсь, и даже сплю, жду кого-то или отдыхаю - это все будет приравнено к глаголам активного действия. При всех этих глаголах мы ставим с местом действия で.
私は教室で勉強します。 (Watashi wa kyoushitsu de benkyou shimasu). Я занимаюсь в аудитории.
猫は部屋で寝ています。 (Neko wa heya de nete imasu.) Кошка спит в комнате.
駅で友達を待ちました。 (Eki de tomodachi wo machimashita.) Я ждал друга на станции.
Вы могли заметить, что в примерах фигурируют одни и те же места - 部屋 (heya, комната), 教室 (kyoushitsu, аудитория). Я хотела показать вам, что "в комнате" может быть передано и через 部屋に (heya ni), и через 部屋で (heya de). Как понять, какой падеж поставить? Правильно - посмотреть, какой в конце предложения глагол!
А у вас вызывает проблемы употребление падежей に и で?