Явление чудотворного образа Знамения Божией Матери последовало в страдную годину для русского народа, во время тяготевшего над ним страшного татарского ига. В эту бедственную для наших предков пору, когда многие русские города и селения были разорены, опустошены и обезлюдены грубыми варварами победителями, общей горестной участи не избежал и Курск с принадлежавшею ему областью. Он обращен был ханом Батыем в груду развалин, а жители его были пленены или разбежались по укромным местам, спасая свою жизнь и имущество.
В 1295 году от Рождества Христова , 8 сентября, случилось одному благочестивому мужу прийти ради прибытка своего в лес, которым поросли окрестности г. Курска, по его разорении, и по Божию смотрению увидел он близ реки Тускори в полугоре, у корня большого дерева, лежащую ниц Икону, которую лишь только поднял от земли, как тотчас же из того места проистек источник воды. Видя это, оный муж поставил честно обретенную им Икону Знамения Божией Матери в дупле того дерева, а сам тогда же об явил о сем преславном чуде своим товарищам, которые согласясь между собою, построили на несколько сажей повыше упомянутого места на лесистом острову часовню из леса, срубленного на семь месте, и, поставив в ней чудотворную Икону, возвратились с миром восвояси. Столь необычное явление иконы, соединенное с чудом, весьма скоро сделалось известным в соседнем г. Рыльские и его окрестностях. Отсюда и устремились к чудотворной Иконе благочестивые жители в надежде от неё исцелиться и утешиться в своих горестях.
Рыльский князь Василий Шемяка, узнав о неоднократных случаях чудотворений, пожелал перенести явленную Икону из часовни в свой город. Его желание было исполнено. Но так как Шемяка не захотел выйти за городские ворота на встречу принесенной Иконе, то за свое маловерие был наказан слепотою, от которой исцелился только после усердной молитвы пред чудотворным образом и всенародного раскаяния в своем легкомысленном поступке. В благодарность за исцеление, прозревший князь выстроил в Рыльские церковь во имя Рождества Пресвятыя Богородицы и в ней поставил сею чудотворную Икону. Но в храме, строенном маловерным князем Шемякою, Икона не благоволила иметь свое постоянное пребывание; она чудесным образом перенеслась на место своего явления в пустыню, и после источала исцеления всем с молитвою обращавшимся к Богоматери.
В 1597 году последовал царский указ о создании мужского монастыря на месте обретения Курской Коренной иконы с церковью во имя Рождества Пресвятой Богородицы. Туда препроводили икону из Москвы вместе с «царским иждивением» на построение пустыни. Настоятелем – игуменом будущей обители был определен священник из Рыльска, имевший особое усердие к Коренной иконе, часто совершавший на месте её обретения молебны и иные требы для богомольцев-паломников. В монашестве он получил имя Евфимий.
Однако новый монастырь едва ли успел развернуться. К власти на Руси рвался самозванец Лжедмитрий.Затем были нашествия татар и нагайцев, которые сменялись нашествиями польско-литовских интервентов.
Следует отметить, что ни гетману, ни другому неприятелю, ни разу не удалось взять Курск, хотя в продолжении XVIIвека на город часто нападали и поляки, и крымские татары. Курск, правда, был оккупирован в период Великой Отечественной войны 1941-1945 годов. Но заметим, что именно здесь совершилась победоносная Курская битва, имевшая переломное значение для всей войны. Командный пункт Центрального фронта находился в монастырском саду Коренной пустыни, совсем рядом с чудотворным источником.
Обитель начала оживать в начале 18-го века, когда миновала опасность татарских набегов, а к концу столетия, во времена правления Екатерины второй, Коренная Пустынь снова начала приходить в упадок.
В июне 1767 года тяжелобольному 9-летнему отроку Прохору Машнину явилась Божья Матерь и сказала, что Сама придет и исцелит его, о чем Прохор поведал своей матери, Агафье Фатеевне. На следующий день крестный ход из Знаменского Курского монастыря из-за сильного ливня изменил направление и пошел через усадьбу Машниниых. Агафья Фатеевна вынесла мальчика во двор, попросила пронести над ним Коренную икону и дала сыну приложиться к ней, после чего он стал выздоравливать. Этот случай из жизни великого святого земли Русской, преподобного Серафима Саровского, связал его духовной нитью с Коренной иконой и Коренной пустынью. В 20-летнем возрасте он ушел в Саровский монастырь Тамбовской епархии, и, может быть не случайно, что духовное возрождение Курской Коренной пустыни началось именно от Саровского монастыря.
В 19-м веке монастырь процветал. А в начале 20-го случилась революция. Обитель была разграблена, храмы разобраны по кирпичику, реликтовые дубравы Богородичуого леса вокруг были вырублены. На месте разрушенного храма Рождества Богородицы в тридцатые годы был сооружен фонтан, украшенный фигурами гипсовых медведей. К этому времени здесь разместился санаторий «Свобода», а после Великой Отечественной войны в уцелевших монастырских зданиях было организовано ремесленное училище.
7 августа 1989 года Коренная пустынь была возвращена Курской епархии и началось её восстановление. Были проведены капитальные ремонты. За период 1994-97 г.г. были восстановлены уникальная крытая галерея со сходами к источнику и храм Живоносного источника. Обустроен и освящен 19 сентября 1991 года Патриархом Московским и всея Руси Алексием II храм Рождества Пресвятой Богородицы, восстановлен келейный корпус. На новом месте выстроен большой хозяйственный двор монастыря, где устроен скит с домовой церковью преподобного Серафима Саровского.
В наши дни на территории монастыря есть общежитие для желающих потрудиться и избавиться от вредных привычек мирян. В Коренной проводятся бесплатные экскурсии. Обитель предоставляет всем паломникам питание. За обед/ужин рекомендуется сделать пожертвование – 100 рублей. Вместо денег можно пожертвовать на трапезную продукты.
