Генерал-майор. Участник Гражданской и Великой Отечественной войн.
В рядах РККА с 1919 года. Участник боевых действий под Нарвой и Петроградом с войсками Н.Н.Юденича.
В 1923 году учится на 8-х Петроградских пехотных курсах, а в 1925 году заканчивает Киевскую объединенную военную школу, после чего направляется в 16-ю стрелковую дивизию Украинского военного округа. Здесь Фоканов Я.С. занимал ряд командных должностей.
В 1934 году назначается на должность командира 57-го отдельного пулеметного батальона. С августа 37-го командует 259-м стрелковым полком 87-й стрелковой дивизии. В 1938-м заканчивает высшие стрелково-тактические курсы «Выстрел».
В 39-м году назначается командиром 61-й стрелковой дивизии, а с августа того же года переведен в 129-ю стрелковую дивизию на ту же должность.
В июле 1939 года Фоканов Я.С. назначается командиром 154-й стрелковой дивизии.
Именно с этой дивизией Фокатов участвовал в ряде важнейших сражений и операциях на первом этапе Великой Отечественной войны. Среди них – бои за Рогачев, Бобруйск и Жлобин, Смоленское сражение, а осенью и зимой 41-го оборона Тулы, и Калужская наступательная операция.
В конце лета 1942 года дивизия участвует в боях против 2-й танковой армии вермахта юнее Козельска, после которых ей было присвоено новое наименование – 47-я гвардейская, а ее командир награжден орденом Краного Знамени. После этого, дивизия была передислоцирована под Сталинград.
С ноября 1942 года командует 5-й танковой армией, а с апреля 43-го 29-м гвардейским стрелковым корпусом. В 44-м году корпус участвовал в Восточно-Померанской и Млавско-Эльбингской операциях.
После войны, Фоканов Я.С. продолжает командовать корпусом, а в 1947 году поступает на Высшие академические курсы при высшей академии имени Ворошилова. С 1948 года назначается помощником командующего 6-й гвардейской механизированной армией. В 1953 году помощник командующего – начальника отдела боевой подготовки 39-й армии, дислоцированной в Порт-Артуре.
С 1957 года старший военный советник командующего войсками военного круга НОАК.
В мае 1959 года генерал-майор Фоканов Яков Степанович вышел в запас. Скончался военкомандующий 9 ноября 1985 года в Новосибирске.