И так, 7 октября Наполеон, не дождавшись мирных предложений, покинул Москву, приказав командиру арьергарда маршалу Мортье взорвать Кремль, что тот и выполнил в ночь на 11 октября. К счастью, благодаря проливному дождю многие мины не взорвались, а поменять мины помешала русская армия, быстро занявшая Кремль. Несмотря на это, были разрушены Водовзводная, Петровская, Первая Безымянная и Никольская башни, часть крепостной стены и Успенская звонница с Филаретовой пристройкой, Новые Торговые ряды на Красной площади, сильно пострадало здание Арсенала.
Восстановление началось не сразу и финансировалось первое время скудно, хотя уже в 1813 году была создана Комиссия для строения Москвы, в которую входили архитекторы О.И. Бове, В.П. Стасов, Д.И. Жилярди, В. Гесте и др. Постепенно были восстановлены разрушенные здания, стены и башни Кремля. За 1817 год были окончательно скрыты обветшавшие Петровские бастионы. Реку Неглинную ниже Воскресенского моста перекрыли арками и засыпали землей, разбив на этом месте в 1820-1823 годах Кремлевский ( позже назван Александровским) сад с "античным" гротом возле Средней Арсенальной башни, который замыкал перспективу Большой Никитской улицы.
Установленные после пожара 1812 года границы Красной площади остались неизменными до наших дней: Алевизов ров, проходивший вдоль Кремлевской стены по Красной площади и Васильевскому спуску, был в 1819 году засыпан, напротив Кремлевской стены располагалось перестроенное здание старых Торговых рядов (теперь на этом месте здание ГУМа), с юго-востока площадь (и тогда, и сейчас) простирается до Храма Василия Блаженного, с северо-запада площадь ограничивало здание Земского приказа (сейчас на этом месте находится Исторический музей). У Старых Торговых рядов возле центрального портика 1818 году появился скульптурный монумент. Красная площадь стала одним из лучших в мире архитектурных ансамблей, органично соединившим памятники XV-XVII веков с великолепными образцами классицизма.
В Кремле в первой четверти XIX века довольно большие работы велись под руководством архитектора В.П. Стасова. Он перестроил на углу Чудова монастыря Архиерейский дом для великого князя Николая Павловича. в этом здании, названным Николаевским дворцом, 17 апреля 1818 года у Николая Павловича родился сын Александр. Будущему императору Александру II еще предстоит сказать свое слово в истории, но он оказался первым потомком мужского пола у сыновей Павла I. Самим фактом своего рождения он дал возможность разрешить династическую проблему, вызванную острым нежеланием второго сына императора, наследника- цесаревича Константина, увенчать себя императорской короной. Теперь вырисовывалась другая линия наследия престола: наследником трона должен был стать великий князь Николай Павлович, который был третьем сыном Павла I.
В 1823 году в алтарь Успенского собора негласно положили документы, существование которых император Александр I счел нужным хранить в тайне. Это было собственноручно написанное великим князем Константином Павловичем письмо, где он отказывался от права занять престол после смерти Александра I. Вместе с письмом хранился Манифест императора, в котором наследником объявлялся Николай Павлович. Во всех церквях бескрайней империи во всех церквях на протяжение 20 лет звучали молитвы о здравии государя императора Александра Павловича и наследника царевича Константина Павловича, а о том, что на трон должен будет вступить Николай Павлович, не знал даже он сам. Знали об этом два брата- Александр и Константин, архиепископ Московский Филарет и ковчег в алтаре Успенского собора. Когда Александр I скоропостижно скончался в Таганроге 19 ноября 1825 года, подданные немедленно стали присягать императору Константину. Тому пришлось из Варшавы, где он был царским наместником, еще раз отказаться от прав на престол в пользу Николая. И какое то время правительство страны не было связанно присягой никакому монарху. Этим решили воспользоваться дворянские революционеры, чтобы прийти к власти и преобразовать Россию. Однако к полудню 14 декабря, когда восставшие ввели войска на площадь перед зданием Сената в Петербурге, сенаторы уже принесли присягу императору Николаю I. Декабристы не смогли выработать иного плана действий, и к вечеру восстание было подавлено.
