Проход (диабатика) Святого Николая был узким и огибал апсиду снаружи здания. Около 1200 года Антоний Новгородский, посетивший собор Святой Софии, говорил, что видел в проходе гобелен с изображением Святого Николая.
В центре, пристроенная к проходу, находилась часовня Святого Николая. Проход каким-то образом соединялся с дверью в левой части Святого колодца.
Паломники использовали часовню Святого Николая в качестве первого пункта входа. Задняя часть церкви была застроена домами и другими постройками. Было легко остаться незамеченным, идя в этом направлении и пользуясь закоулками.
Алтарь в Святилище был очень людным местом. В соборе Святой Софии всегда были толпы людей и духовенства. Внутри собора Святой Софии у алтаря любой гражданин мог потребовать убежища, защищаясь от гражданского законодательства и стражников. Алтарь был высшим святилищем, если вы прикасались к нему, вас нельзя было оторвать силой. Беглецы хватались за край алтарной плиты и цеплялись за нее, спасая свою жизнь. Патриархи очень серьезно относились к обещанию защищать преследуемых граждан.
Когда патриарх, находившийся во дворце, слышал, что стражники собираются увести беглеца от алтаря, он входил в церковь, спускался по лестнице в неф и обнимал беглеца, предоставляя ему личную защиту. Когда беглецу нужно было поесть или воспользоваться туалетом, патриарх возвращался, чтобы сопроводить его.
Суд диаконов и духовенства Собора Святой Софии рассматривал дела о святилище. В 431 году император Феодосий II расширил святилище, включив в него всю территорию собора Святой Софии. На святилище претендовали обвиняемые в убийствах. Суд проходил в вестибюле и во внутреннем притворе, давая возможность всем желающим присутствовать на процессе.
В 1320 году обследование здания показало, что северная и восточная стороны церкви находятся под угрозой обрушения. Андроник II заказал ремонт, и историк Грегорас говорит, что ремонт был оплачен из части имущества императрицы Ирины, которая умерла в 1317 году и была похоронена в монастыре Пантократора.
Чтобы укрепить стены собора, были возведены огромные контрфорсы, называемые пирамидами. Они были построены руками безработных греческих христиан, бежавших от турок, которые завоевали византийские владения в западной части Малой Азии.
Для строительства контрфорсов было перевезено огромное количество камня из византийских церквей, которые находились в руинах или могли рухнуть. Знаменитые древние церкви Святого Менаса и Святых мучеников были разрушены.
Одним из последствий этого строительства стало значительное уменьшение освещенности в церкви.
Контрфорсы никогда не исследовались полностью, неизвестно, что в них могло быть найдено. Они построены из камня, облицованного бутовыми плитами. Андроник хотел продолжить работу в соборе Святой Софии, но гражданские войны 14 века помешали ему это сделать.
Контрфорсы были построены таким образом, что заняли проход и часовню Святого Николая. Возможно, части прохода были встроены в контрфорсы и сохранились.
Часовня Святого колодца была перестроена, когда проход был снесен. Красивая мраморная арка, ведущая в проход, была закрыта, а большая мраморная панель с вырезанными на ней крестами была перенесена. Мраморная облицовка, которая была внутри часовни Святого колодца и снаружи на восточной стене нефа, была разграблена крестоносцами и заменена дешевой крашеной штукатуркой.
Неизвестно наверняка, что случилось с мозаиками, сохранившимися до 1850 года, вероятно, их соскребли около 1900 года мусульманские фанатики. Святой колодец тоже исчез.
Во времена османской Империи черный ход Святого колодца был местом похорон. Мертвые тела не допускались в мечети, поэтому тела клали на старые византийские капители и части колонн, используемые в качестве стола. Во времена османской империи эта задняя дверь считалась несчастливой. В последние годы часовня Святого колодца была закрыта и использовалась под склад.