В 1706 году был перенесен огород лекарственных растений из-под стен Кремля на нынешнее место расположения Аптекарского огорода. Есть легенда, а может и правда, что царь Петр I самолично посадил в новом огороде ель, пихту и лиственницу.
Иностранные, в большинстве своем немецкие, специалисты-садовники были приглашены для содержания огорода. Ботаники направляли экспедиции в регионы страны, собирали гербарии и писали научные труды.
Владел Аптекарским огородом изначально Аптекарский приказ, после же Московский госпиталь, в 18 веке Московская медико-хирургическая академия. После Аптекарский огород понадобился Московскому университету, так как его Ботанический сад, располагавшийся на Моховой улице, нуждался в расширении.
И в 1805 году первого апреля за 11 тысяч рублей серебром Аптекарский огород покупает Московский университет.
В 1807 году заведующий в то время огородом Георг Франц Гофман распоряжается создать его план. Этот план считается самым ранним из тех что сохранились.
В 1808 году издается первый каталог растений огорода, которые выращивали в грунте и оранжереях. В каталоге содержалось 3528 растений.
Но приходит 1812 год с его пожарами в Москве и Аптекарский огород тоже пострадал. Для восстановления нужны были деньги и их нашли путем продажи 4 га земли на частную застройку.
В 1850-х огород становится доступным для жителей, но за определенную плату. Деньги за вход были немного высоковаты для того времени, но все равно Аптекарский огород становится популярным местом для прогулок.
Постепенно сад превращается в центр отечественной ботаники, здесь ведутся научные работы, а полнота коллекции не уступает оранжереям в Европе.
События 1917 года сыграли печальную роль в существовании Аптекарского огорода, потому что в это время деревянные постройки и ограждения горожане стали растаскивать на дрова, а внутри вместо редких растений выращивать овощи для еды.
Но продолжалось такое положение дел не долго, так как советское правительство понимало важность научной работы в Аптекарском огороде и восстановило порядок в московском ботаническом саду. Значение сада было столь велико, что даже новую станцию метро в 1952 году назвали Ботанический сад.
В советский период ежегодное посещение было около 200 000 москвичей в год (а это выставки, прогулки, экскурсии). Потом уже появляется в Останкино Главный Ботанический сад Академии наук СССР (площадь 360 га) и Агробиологический сад МГУ (1953 год). И Аптекарский огород становится его филиалом.
Но и сейчас, в современный период люди любят посещать Аптекарский огород и он не теряет своей актуальности.
Находится он на проспекте Мира, дом 26, стр. 1.