Когда в 1998 году в США вступил в силу контроль за выбросами подвесных моторов, на рынок был выведен мотор Yamaha F100A. Модель была безвредна для окружающей среды и обладала всеми преимуществами четырехтактного двигателя — низкий уровень шума, хорошая экономия топлива, а также скорость и ускорение, которые могли соперничать с двухтактными двигателями.
F100A выдавал наибольшую мощность в своем классе и был первым подвесным мотором, в котором использовался 16-клапанный 4-цилиндровый двигатель с двумя верхними распредвалами. Модель была оснащена глушителем с длинной трубкой, обеспечивающим мощный крутящий момент на низких и средних скоростях, и микрокомпьютером, который регулировал угол опережения зажигания для стабильной работы, чистые выбросы и хорошую экономию топлива.
Для удовлетворения всех потребностей рынка Yamaha предложила для модели F100A различные высокоэффективные гребные винты, что позволило использовать двигатель в различных условиях: от легких скоростных катеров до тяжелонагруженных понтонных лодок. Разработка 4-тактного F100A открыла путь для более крупных аналогов, таких как его преемник F225.
В октябре 1999 года Yamaha выпустила на рынок модель Z200N, которая стала первым в мире 2-тактным подвесным мотором мощностью 200 лошадиных сил, оснащенным революционной технологией прямого впрыска высокого давления (HPDI). Система HPDI значительно уменьшила объем грязных выбросов и улучшила экономию топлива, используя при этом преимущества двухтактных подвесных двигателей, а именно их малый вес и компактные размеры. Уже в 2006 году подвесные моторы, которые оснащались системой HPDI, сократили выбросы углеводородов и оксидов азота на 30%, а также улучшил экономию топлива на 30% по сравнению с предыдущими моделями двигателей.
Двигатель V-6, разработанный специально под систему HPDI, обеспечивал гораздо лучшую экономию топлива, чем существующие модели с непосредственным впрыском, благодаря своему чрезвычайно легкому весу и компактным размерам. На холостом ходу двигатель имел функцию отключения подачи топлива в два цилиндра, что позволяло повысить эффективность использования топлива и снизить выбросы в атмосферу. Кроме того, у него была система самодиагностики, которая могла показывать неисправности и инструкции по ремонту на экране микрокомпьютера. Систему можно было использовать для проверки истории неисправностей двигателя, и она имела функцию отказоустойчивости, которая позволяла поддерживать работу двигателя на низких оборотах, даже если датчик или другая часть системы вышли из строя.
