Судьба Алексея была решена, когда у царя Петра от Марты (Екатерины в православном крещении, причём крестным её был сын Петра от первого брака, Алексей, поэтому она стала Алексеевной) родился сын, тоже Пётр. Самое интересное, что в этот же год у Алексей тоже родился сын и тоже был назван Петром, но результатом стало беспощадное письмо Петра сыну, где объявлялось, что от лишается прав на наследование престола, а сам сын назван «уд гангренный», то есть орган, подлежащий удалению.
Никаких конкретных претензий отец не высказал, но по сложившейся традиции Алексей в истории преподносится как человек слабый умом и духом, не разделяющий идей отца и вдобавок окружённый «тёмными силами», то есть теми консерваторами, которые преобразования царя ненавидели и мечтали погубить руками Алексея. Прекрасно это изображено в фильме «Пётр I», где играющий Алексея Н. Черкасов постоянно среди мерзких и злобных тёмных фигур.
А в реальности Алексей, по отзывам его учителя, блестящего юриста фон Гюйссена, «к наукам проявлял рвение», в 18 лет знал два языка, преуспевал в математике, любил географию, историю, получил системное и основательное образование.
Это Петру было не нужно, он потребовал, чтобы Алексей принял постриг и ушёл в монастырь. Алексей впервые в жизни взбунтовался и бежал за границу. Отдельная история, как его оттуда выманивали, давали клятвы, что никто его не тронет, показывали подложные письма, покупали всех иностранцев вокруг Алексея – наконец он вернулся и сразу оказался в каземате.
Под пытками он произнёс то, что от него ждал Пётр: он возглавил бы заговор, «ежели бы бунтовщики меня когда-нибудь позвали». То есть ничего криминального не было, но если бы...
А дальше опять же на допросах клевещет Алексей на самого себя, что с детства «памяти весьма лишен, и весьма силами умными и телесными от различных болезней ослаблен, учение зело противно и чинил то с великой леностью, к отцу моему непослушание имел...»
Весь приговор «изменнику» сыну держится на том, что получено на допросах (а спрашивать умели – был прямой «социальный заказ»). Признаётся Алексей в том, что был туп, учиться не желал, слушал «злых людей», но главное «намерен был овладеть престолом чрез бунтовщиков, чрез чужестранную цесарскую помощь и иноземные войска, с разорением всего государства» – такой приговор вынесла «комиссия» .
Все придворные, генералы, «птенцы гнезда Петрова», 127 опрошенных царём, приговорили Алексей к смерти.
Вечером Пётр был с сыном наедине. Мы никогда не узнаем, о чём говорили,
но по официальной версии, наутро Алексей умер от «жестокой болезни, которая вначале была подобна апоплексической», это сообщили иноземным дипломатам, но Петербург твёрдо знал, что царевича уморили, причём версий было много, одна страшнее другой: жилы ему вскрыли, Алексашка Меншиков задушил подушкой, Пётр сам голову сыну отрубил...
Только всё было напрасно, дальше прямая линия Романовых пресеклась: Пётр Петрович умер в возрасте трёх с половиной лет, не пережив Алексея и на год, а Пётр, сын казнённого Алексея, умер в 15 лет.
Пётр сам погубил династию.