"Замятня" в Орде способствовала усилению татарских набегов на русские земли, грабежу русских купцов и даже князей, ездивших по делам в Орду. Разрешение этих проблем требовало ускоренной консолидации русских княжеств. На первом месте для митрополита Алексия было возвращение для Москвы ярлыка на Великое Владимирское княжение, что не только увеличивало территорию, подконтрольную Москве, но и давало право Москве собирать ордынский "выход" со всех княжеств Северо-Восточной Руси. Это удалось сделать только в 1362 г, когда хан Мурат выдал великокняжеский ярлык представителям московского князя.
В этом же году умирает пролитовский митрополит Роман и, казалось бы, дело вновь шло к единой русской митрополии. Однако Ольгерд, претендовавший на политическое лидерство в деле объединения земель Северо-Восточной Руси вокруг Вильно, не прекращал попыток отстранить Алексия с митрополичьей кафедры, постоянно жалуясь на него в Константинополь, угрожая перейти в католичество (по сути Литва дрейфовала как раз в сторону католического Запада). Алексий отвечал на это активной сменой епископов в землях, тяготевших к Литве.
В 1366 г. московский князь Дмитрий женился на дочери нижегородского князя, что позволило устранить давний конфликт, вызванный соперничеством вышеназванных княжеств в борьбе за Владимирский великокняжеский ярлык. После свадьбы Дмитрий получил надежного союзника на долгое время. В это же время боярское "правительство" во главе с Алексием принимает решение об укреплении города, и начинается строительство белокаменного Московского Кремля (1367-1368 гг.).
Отношения с Тверью также были напряженными. Москва активно вмешивалась в дела соседнего княжества, поддерживая промосковскую группировку ("кашинская" ветвь тверских князей) при помощи военной силы (спор за г. Старицу). В 1367 г. Алексий вызвал в Москву тверского князя Михаила Александровича и заставил подписать договор (докончание), по которому тот становился в зависимое положение от Москвы. После чего Михаил сбежал в Литву и стал подговаривать Ольгерда к походу на Москву. В Орде зорко следили за происходящим и в связи с явным усилением Московского княжества начинают поддерживать Тверь и Литву.
Первая Литовщина (осень 1368 г.). Ольгерд неожиданно напал на Московское княжество. Дмитрий успел выставить только сторожевой полк, который был разбит. Московский князь заперся в только что построенном Белокаменном кремле. Литовцы, разграбив окрестности, отступили, не сумев взять город. За участие в этом походе против православных христиан и помощь язычнику, которым был Ольгерд, митрополит Алексий отлучил от церкви Михаила Александровича, а также смоленского князя, который тоже принимал участие в походе.
Вторая Литовщина (1370 г.). Михаил Тверской, получив от Мамая ярлык на Великое Владимирское княжение, пытался пробраться в Тверь. Но московские полки его не пустили. Бежав в Литву, Михаил подговорил Ольгерда начать новый поход. Ольгерд опять осадил Кремль, но спешно отступил из-за подходившего к Москве подкрепления из Серпухова и Рязани.
Третья Литовщина (1372 г.). Опять получив ярлык в Сарае, Михаил с ордынским послом Сарыхожей двинулся на Русь. Посол требовал от Дмитрия прибытия во Владимир, но московский князь впервые ответил отказом ордынскому послу! Дмитрий пригласил Сарыхожу в Москву, передал ему подарки, и довольный посол поехал в Орду, а за ним с благословения Алексия отправился Дмитрий. Оставив многие дары в Орде, Дмитрий не только добыл ярлык на Великое княжение Владимирское, но и сумел выкупить из плена сына Михаила Тверского Ивана, что станет в дальнейшим весомым аргументом в переговорах (Иван около 2-х лет провел в Москве при дворе митрополита Алексия, затем после выкупа был отправлен к отцу).
Тем временем Михаил вновь вместе с Ольгердом пошел на Москву, но под Любутском московская рать разгромила сторожевой полк Литвы. Ольгерд отступил. В 1372 г. заключается договор, по которому Ольгерд признает Великое Владимирское княжение «отчиной» (наследственным владением) Дмитрия Московского. Из-за потери своего основного союзника дни Твери были сочтены. В 1375 г. московское войско после осады берет Тверь, Михаил подписывает «докончание» (соглашение) о признании себя «младшим братом» (вассалом Москвы).
Активная поддержка Москвы Алексием многих приводила в ярость. В Константинополь постоянно сыпались жалобы оппонентов митрополита и по его душу, наконец-то, был направлен патриарший посол болгарин Киприан (будущий митрополит Киевский и всея Руси) с требованием явиться Алексию на патриарший суд. Однако, имевший огромный опыт в закулисных делах с патриаршим престолом, Алексий смог выкрутиться и из этой ситуации.
В 1372 г. Алексий скрепил митрополичьей печатью первое завещание Дмитрия. Также по просьбе митрополита Дмитрий отдал важные для обороны Московского княжества города Боровск и Лужу своему двоюродному брату Владимиру Андреевичу для усиления доверия между братьями и укрепления их единства. Что безусловно говорит об огромном доверии Великого князя своему наставнику и стратегическом мышлении Алексия, т.к. Владимир Андреевич Храбрый (Серпуховской) был и останется надежным союзником Дмитрия Ивановича.
В церковной сфере митрополит Алексий провел монастырскую реформу, в результате произошла смена монастырских уставов с келиотского (у каждого монаха свои доходы и имущество, жили в отдельных кельях) на общежитийный (общая собственность братии, совместная трапеза и молитва, обязательный труд для всех). Если келиотские монастыри зависели от местных феодалов, которыми чаще всего и создавались, то общежитийные монастыри начинали жить самостоятельно, т.е. были выведены из-под юрисдикции местных светских властей. Подчиняясь митрополиту, а соответственно и Великому князю, эти монастыри усиливали объединяющие тенденции вокруг Москвы. При митрополите Алексии по всей Северо-Восточной Руси основываются десятки общежитийных монастырей, сам он лично основал Чудов, Андронников, Алексеевский девичий и Симонов монастыри.
Таким образом в сер. 70-х гг. XIV в. благодаря усилиям митрополита Алексия и Великого князя Дмитрия Ивановича удалось добиться церковно-политического единства, что не преминуло сказаться на дальнейших военных успехах в отношении Орды. В 1376 г. воевода Дмитрия Боброк Волынец захватил столицу Волжской Орды. В 1378 г. победа московской рати во главе с Дмитрием над полководцем Мамая Бегичем в битве на реке Воже. И кульминацией этого противостояния стала кровопролитная Куликовская битва 1380 г., благодаря которой Северо-Восточная Русь освободилась от ордынской зависимости, но на короткий период.
Правда, торжества русского оружия на Куликовом поле митрополит Алексий уже не застал, он скончался 12 февраля 1378 г., но благодаря его деятельности был осуществлен первый общерусский поход против Орды, началось освобождение от иноземного владычества. После Куликовской битвы никто не оспаривал главенство Москвы как центра собирания русских земель. В кон. 1430-х годов митрополит Алексий был канонизирован в лике святителя. Его мощи покоятся в Елоховском Богоявленском соборе в Москве.