К началу IV в. произошло оформление христианства как целостной церковной организации, а в 313 г. Миланским эдиктом императора Константина оно было признано разрешенной религией. В это же время возникает крупнейшее еретическое движение арианства (по имени основателя – египетского священника Ария), в рамках которого провозглашается человеческая, а не божественная природа Христа (он признается не единосущным, а подобосущным Богу). Для борьбы с арианством в 325 г. был созван I Вселенский собор (съезд представителей духовенства от всех региональных церквей) в Никее, на котором оно было провозглашено ересью, хотя и после этого оно некоторое время существовало. Также на этом соборе было установлено время празднования Пасхи (дня воскресения Иисуса Христа) и принят первый вариант Символа веры (перечень постулатов, в которые должен верить христианин). На втором Вселенском соборе в Константинополе (381 г.) арианство вновь было осуждено как ересь и впервые принят догмат о Святой Троице, как дополнение Символа веры.
В дальнейшем Вселенские соборы собирались, как правило, для осуждения новых ересей – III Собор в Эфесе (431 г.) осудил ересь несторианства (основатель – константинопольский патриарх Несторий, согласно ей Дева Мария родила человека – Христа, с которым уже потом соединилось второе воплощение Бога – Бог-Сын), его решение не приняла Ассирийская церковь; IV Собор в Халкидоне (451 г.) осудил ересь монофизитства (основатель – епископ Евтихий из Александрии, согласно ей у Иисуса Христа только одна божественная природа), его решение не приняли т.н. Древневосточные церкви (Армянская, Сирийская, Коптская, Эфиопская), которые заявили о том, что принимают доктрину миафизитства (согласно ей в Христе соединяются две природы – божественная и человеческая, но они не смешиваются, не поглощаются одна другой, а существуют в нерасторжимом единстве с сохранением своих свойств); V Собор в Константинополе (553 г.) осудил учения платонизма, оригенизма, несторианства и монофизитства; VI Собор в Константинополе (680-681 гг.) осудил монофелитство (согласно ему у Христа две природы, но одна божественная воля, учение было создано для примирения с монофизитами, но в дальнейшем от него отказались); VIIСобор в Никее (787 г.) осудил иконоборчество (согласно которому должны быть запрещены все изображения Христа, святых и т.д.). Седьмой Собор был последним, решения которого были признаны всеми основными христианским церквями, включая Римскую.
Параллельно с развитием христианской догматики шло и изменение культовой стороны, которая все больше усложнялась, в том числе за счет заимствования и переосмысления обрядов из других религий (например, обряд причастия вином и хлебом берет исток в культах Митры и Аттиса, обрядовое погружение в воду присутствовало в культах Диониса и Исиды). Только в XIII в. было установлено число основных христианских обрядов (7): крещение, миропомазание, покаяние, евхаристия, брак, священство и елеосвящение.
По мере усиления христианства и превращения его в государственную религию происходило становление в нем монашества. Монахами становились люди, которые брали на себя дополнительные обязательства по самосовершенствованию, полностью отказывались от мирской жизни и, как правило, покидали города. Одновременно шла активная проповедь христианства уже за пределами Римской империи, в первую очередь среди германцев, а потом и славян. Также назревали противоречия между Римским патриархатом (глава которого носил титул папы) и поместными церквями востока, которые в IX в. привели к первому серьезному кризису – взаимному отлучению от церкви константинопольского патриарха Фотия и римского папы Николая I (догматическими причинами были споры о непогрешимости римских пап и «филиокве» – дополнении к Символу веры, согласно которому Святой дух исходит и от Бога-Сына).
Окончательный разрыв между ними произошел в 1054 г., западная церковь провозгласила себя Католической (вселенской), а восточные приняли наименование Православных (Ортодоксальных). В дальнейшем к двум названным догматическим различиям добавились еще четыре, которые были приняты только в католицизме: представление о «сверхдолжных заслугах» отцов церкви, которые составляют сокровищницу накопленной благодати, которой может распоряжаться церковь; отпущение грехов через покупку индульгенций, которые действуют за счет этой благодати; учение о чистилище, где души грешников могут очиститься от грехов благодаря молитвам церкви; учение о непорочном зачатии Девы Марии. В дальнейшем к догматическим различиям добавились и обрядовые, самыми яркими из которых в католичестве были запрет на богослужение на любом языке кроме латыни, безбрачие духовенства, запрет мирянам читать и толковать Библию.
В 1439 г., в условиях серьезного ослабления Византии католической церковью была предпринята попытка подчинить православную путем незначительных обрядовых уступок через заключение унии (во Флоренции). В 1596 г. уния была введена в Речи Посполитой в отношении православных подданных в Западной Украине и Белоруссии.
Следующий серьезный раскол в христианстве произошел в XVI-XVII вв., когда в ряде европейских стран начинается движение против католической церкви, вызванное падением авторитета римских пап, слишком роскошной жизнью духовенства и стремлением перевести богослужение на национальные языки. Это движение получило название Реформации, а его основной идеологией стало возвращение к раннему христианству периода апостолов. Лидером Реформации стал германский священник Мартин Лютер, который в 1517 г. выступил против продажи индульгенции и высказал свое несогласие с католической церковью в форме 95 тезисов. В ходе Реформации произошло оформление нового течения в христианстве – протестантизма, который практически сразу разделился на несколько направлений. Протестантами принимаются только первые четыре Вселенских собора, они признают безоговорочный авторитет Библии и, в основном, выступают против духовенства как замкнутого сословия.
Наиболее крупными направлениями в протестантизме являются: лютеранство (ключевой принцип – первородный грех может быть преодолен только с помощью благодати, источником которой является вера, признание только двух таинств – крещения и причастия); кальвинизм (ключевая идея – предопределенность, согласно которой Бог заранее определяет достоин ли человек спасения, отрицание любых церковных авторитетов кроме Библии, признание погрешимости всех церковных соборов, полный отказ от монашества и духовенства как помощников в спасении людей, отказ от религиозных изображений); англиканство (возникло в результате стремления английских королей обрести независимость от римских пап в религиозных вопросах, потому сохранившее многие черты католичества – священство, пышные богослужения, ключевым отличием является собственная книга молитв); анабаптизм (ключевая идея – крещение в сознательном возрасте, понимание христианства как постоянного ученичества, восприятие церкви как братства); меннонитство (основанное на принципиальном пацифизме). Позже количество течений в протестантизме резко возросло, появились Евангельские христиане, баптисты, адвентисты, квакеры, методисты, пятидесятники, африканские независимые церкви, Армия спасения и т.д. В XX в. среди представителей различных направлений христианства возникла идея экуменизма (объединения церквей), однако каких-либо серьезных успехов она не достигла.