Тем временем покинутый ламами храм в Старой Деревне пребывал в вынужденном запустении. После отъезда Доржиева из Петрограда в доме-общежитии поселился недавно ставший академиком Ф.И. Щербатской, которому Хамбо-лама поручил присматривать за «общебуддийской святыней».
Однако осенью 1919 года во время наступления Юденича на Петроград на территории храмовой усадьбы — несмотря на протесты Щербатского — разместилась красноармейская часть (батарея 1-го артиллерийского дивизиона). Ее командир А. Красовский выселил ученого из занимаемой квартиры, заверив его, впрочем, что постой красноармейцев не нанесет храму никакого ущерба. Храм в присутствии ученого был заперт на ключ и опечатан. Тем не менее, вскоре после этого он подвергся страшному разгрому и осквернению.
Похищены были практически все предметы, имевшие какую-либо ценность, вплоть до металлических дверных ручек и гвоздей — медные, бронзовые и позолоченные статуэтки-бурханы, серебряные жертвенные сосуды, драпировки из китайской парчи, посуда и мебель, меха и материи. У статуи большого Будды погромщики отбили голову и проломили отверстие в груди, надеясь найти спрятанные внутри драгоценности; варварски уничтожили храмовую библиотеку, состоявшую в основном из монгольских и тибетских книг. Бесследно исчезла и собранная Доржиевым коллекция ценнейших документов, относящихся к его многолетней дипломатической деятельности и освещавших характер взаимоотношений с Тибетом в 1890–1910 годах трех соперничающих держав — России, Англии и Китая.
Первым, кто узнал о погроме в храме и забил тревогу, был Карл Теннисон. Он незамедлительно заявил о происшедшем в Губчека и поставил в известность Доржиева, в то время все еще находившегося в Калмыкии, а также Ф.И. Щербатского. Щербатской тут же связался с Музейным отделом Комиссариата просвещения (Наркомпрос РСФСР), однако руководство отдела никаких мер не приняло. Беспокойство проявило другое подразделение Наркомпроса — Отдел по охране памятников искусства и старины, на учёте которого состоял буддийский храм.
Здание храма посетил и осмотрел (5 июля) сотрудник Отдела Н.А. Троцкий, о чём тут же доложил своему начальству. В докладной записке Троцкого от 7 июля, упоминался весьма любопытный факт — похищение наиболее ценных культовых предметов из тайника, находившегося в подвальном помещении храма. Приведу отрывок из записки Троцкого:
Посетив храм 5-го июля, я нашёл его в самом заброшенном состоянии: двери раскрыты настежь, ключей от здания нет и неизвестно где они. Внутри сохранились только стены и столбы с резными украшениями. Главная фигура Будды разбита, стены местами попорчены. На полу валяются молитвенники, полотнища дверей и посуда для жертвоприношения (чёрная жестяная), сундуки на чердаке стоят пустыми, только наверху лежит довольно большая фигура Будды, которая особенного художественного интереса не представляет. Из осмотра можно вынести следующее заключение: здание храма само по себе не представляет художественно-исторического интереса, так как построено недавно в формах чисто внешнего стиля. Внутри никакой утвари не сохранилось. Оставшиеся вещи представляют некоторый исторический интерес и должны быть сохранены.
В результате 17 июля Отдел по охране памятников принял решение взять храм под охрану и назначил его хранителем К. Теннисона. А несколько дней спустя храм был вновь опечатан.
История, однако, на этом не кончилась. Оставался вопрос о судьбе храмовых ценностей из взломанного тайника в подвале — это были, в основном, подарки Далай-ламы и Сиамского короля, находившиеся в цейхгаузе красноармейской части. В итоге, после вмешательства в дело Академии Наук, эти предметы вернулись в Буддийский храм, за исключением одной статуи Будды, переданной в районный музей Петроградской стороны.
Но вот, наконец, в Петроград из Калмыкии вернулся Агван Доржиев. Потрясенный увиденным, он тут же направил протест в НКИД РСФСР. Несколько дней спустя здание храма тщательно осмотрела созданная НКИД специальная комиссия. Результаты обследования оказались весьма неутешительными. В составленном тогда же комиссией акте содержалось подробное описание повреждений храма:
«У центральной статуи Будды, сделанной из гипса, отбита голова и грудь, повреждены позолота и окраска. Стены в притворе у алтаря покрыты плесенью и разрушаются от сырости. Штукатурка стен местами сильно попорчена—истыкана штыками и изрублена топорами; повреждена также и стильная окраска стен. Водопроводная сеть и приборы приведены в совершенно негодное состояние. Центральное отопление не действует; котел, обслуживающий отопление, находящийся в подвальном помещении, сильно попорчен— арматура снята и увезена, верхний кожух помят и сильно проржавлен. В окнах частью выбиты стекла. Во всех дверях и частично в окнах похищены ручки, шпингалеты и другие приборы. Центральный фонарь, размером около 3 саж. в квадрате, служащий для дневного освещения храма, совершенно лишен стекол, вследствие чего дождь и снег, проникая в храм, разрушают внутреннюю отделку. Подвальный этаж загрязнен и требует очистки, так как такое состояние подвала крайне вредно отражается на санитарном состоянии храма и жилых помещений при нем (келий для монахов). Крыши и вентиляционные трубы сильно разрушены— железо частью похищено, частью сильно проржавлено. Фасад храма сохранился вполне удовлетворительно, так как гранитная облицовка стен спасла его от разрушений. Сточные дождевые трубы частью похищены, деревянная стильная отделка дверей портала — канелюры — местами сильно попорчена. На основании изложенного Комиссия находит необходимым в целях сохранения буддийского храма от дальнейших разрушений произвести в срочном порядке ремонт его».
Побывавший затем (26 октября) в храме «для расследования дела по заявлению представителя Тибета Агвана Доржиева» старший инспектор бюро жалоб и заявлений при Рабоче-крестьянской инспекции в Петрограде Г.Л. Пинкус подтвердил факт разграбления храма. В составленном им акте, со ссылкой на Теннисона, приводились некоторые довольно любопытные подробности. Так, выяснилось, что из храма, помимо прочего, было похищено «около 300 штук серебряных и золотых карманных часов», предназначавшихся в качестве подарков рабочим.
Теннисон также рассказал инспектору Рабкрина, что в первые дни после его возвращения в Петроград в храм пыталась проникнуть группа людей из местных жителей, вооруженных пилами и топорами — «очевидно, собиравшихся разбить двери и вообще деревянные части храма», — однако он оказал им сопротивление и впоследствии подобные попытки более не повторялись. Что касается собственного расследования ПЧК, которое, как удалось выяснить латышскому буддисту, вел следователь С. Матвеев, то оно не дало никаких результатов «в смысле обнаружения виновных или расхищенного имущества».
А. Доржиев, однако, в своем заявлении говорит о том, что ЧК задержала семерых красноармейцев и даже «отстранила от должности» их командира. Но эти меры, разумеется, не могли возместить храму понесенных утрат. Тот же Доржиев рассказывает, между прочим, что извлеченные из статуи Будды «свитки священных изречений и молитв» появились затем на городских рынках, где ими бойко торговали в качестве папиросной бумаги.
— А.И. Андреев. Из книги "Буддийский Храм в Санкт-Петербурге"