Загидулла Шафигуллин был отцом большого семейства. Стиль ведения коммерческих дел как нельзя лучше иллюстрирует его патриархальные воззрения, где царил идеал большой семьи, состоящей не только из супруги и детей, но и из многочисленной родни в лице зятьев и их родственников, племянников, внуков и т. д. В семье Шафигуллина никогда не возникали имущественные споры или иного рода раздоры.
На протяжении всей истории фирмы Шафигуллиных основатель и его последователи стремились к объединению разросшегося рода под крылом одного торгового общества. Кроме младшего брата Шайхуллы, в начале XX века его верными помощниками в торговых делах стали подросшие сыновья.
Всего у Загидуллы-бая было шестеро детей, три сына и три дочери. Они росли в Акзигитово.
Няней детей Шафигуллина стала асрау кыз по имени Бибигазиза. Она была родом из соседней татарской деревни Васюково (Бәчек авылы), в доме Шафигуллиных начала работать с 13-летнего возраста. В 1899 году, когда уже дети хозяина подросли, няню выдали замуж за жителя Акзигитово Гафията Мутыгулловича Альмиева (Әлмиев). Он жил по соседству с домом предпринимателя.
Старший сын Хайрулла учился в Акзигитовском мужском медресе.
Учившийся вместе с ним писатель Зариф Башири охарактеризовал сына богача Шафигуллина как избалованного ребенка, не отличавшегося ни умственными способностями, ни спокойным нравом. "Шакирд Хайрулла был сладкоежкой и всегда носил с собой конфеты и другие сладости", - писал он. Судя по всему, бедному шакирду Башири не давала покоя хорошая, нарядная одежда Хайруллы, его сытый вид. Писатель отмечал, что у Загидуллы-бая не хватало времени на воспитание старшего сына, укорял его в чрезмерном увлечении, в ущерб собственной семье, идеями национального прогресса.
Тем не менее «не отличавшийся ни поведением, ни способностями» Хайрулла Шафигуллин уже спустя несколько лет стал верным помощником дяди Шайхуллы в его коммерческих делах в Иркутске. Пока Ш. Шафигуллин занимался общественно-политическими делами, Хайрулла полностью контролировал семейный бизнес. Позднее к нему присоединились младшие братья — Зиннур и Гарифжан. Они заведовали торговыми делами отца в Красноярске. Но периодически бывали в Иркутске, где жили в доме на улице Кузнецкой (Горной).
Дочери Загидуллы Шафигуллина тоже росли в Акзигитово. По одной из версий, двухэтажный дом в родной деревне предприниматель построил именно для дочерей. Впоследствии, Загидулла-бай двух своих дочерей выдал за предпринимателей, выходцев из Акзегитово.
Старшая дочь Шафигуллина была замужем за Вали Самитовым, сыном торговца из Вятки. Шагиахмет Самитов вел крупную торговлю бакалейными товарами в Вятке и Слободском. Известно, что некоторое время семья Самитовых проживала в Иркутске. Внучки Загидуллы Шафигуллина — Зайня и Мариам Самитовы — получили образование в женской мусульманской школе Иркутска, потом они помогали учительницам Акзигитовской женской школы.
Вторая дочь Загидуллы-бая была выдана замуж за Хафиса Ишмеметова, проживавшего в Архангельске. Семья Ишмеметовых происходила из Акзигитово. Отец Хафиса — Закир Ишмеметов вел крупную бакалейную торговлю в Архангельске, Вологде и Великом Устюге. Он тоже живо откликался на нужды родной деревни и поддерживал Акзигитовское медресе и женскую школу.
Сам Загидулла Шафигуллин часто бывал в Архангельской губернии, у своих родных. Например, информаторы казанской жандармерии сообщали в 1911 году, что З. Шафигуллин «благодаря своим семейным связям поддерживает сношения со своими единомышленниками, мусульманами, живущими в городах Северной России и Восточной Сибири».
Младшая дочь купца Асьма Шафигуллина тоже жила в Акзигитово. Она получила домашнее образование и отличалась начитанностью, обладала педагогическими способностями. Поэтому до замужества Асьма-туташ преподавала в Акзигитовской женской новометодной школе.
Специального разрешения у нее не было, Асьма Шафигуллина числилась помощницей официальной учительницы Зайтуны Харрасовой. Судя по сохранившейся фотографии, Асьма Загидулловна была статной красавицей, задумчивой и спокойной.
Выбор супруга тоже характеризует неординарность ее натуры. В отличие от старших сестер она стала супругой небогатого человека, по сути, обыкновенного мугаллима. Но ее избранник Якуб Халили являлся бывшим преподавателем знаменитого Иж-Бубинского медресе и компаньоном издательства «Юл», был под стать будущей супруге по своему духовному складу. Они были похожи в искреннем стремлении к национальному прогрессу и просвещению. Их свадьба состоялась в конце мая 1913 года, в Акзигитово съехалось большое количество гостей с самых разных концов империи.
После женитьбы общим делом супругов стало издание женского журнала «Сююмбике», это было их детищем, куда вкладывались все средства и духовные силы. Материально супруги не бедствовали, у Асьмы Загидулловны было солидное приданое. Вскоре в семье появилась дочь Назыйха.
Для Якуба Халили этот брак стал вторым. К моменту женитьбы на Асьме Шафигуллиной, он был вдовцом и успел многое пережить. В первой семье сначала умер новорожденный сын, потом, не выдержав горя, скончалась и молодая жена. Кстати, ее тоже звали Асьма.
В круг общения Якуба Халили входили многие известные литераторы того времени, среди них был и Габдулла Тукай. Неслучайно, он мечтал издавать литературный журнал.
Своеобразным компромиссом стал женский журнал «Сююмбике», где отводилось место не только специфическим рубрикам, но и литературно-публицистическим материалам.
По словам внучатой племянницы Я. Халили, его второй брак был очень удачным и счастливым. «Асьма апа была не просто хорошей женой, но и единомышленником и помощником в делах. А еще Асьма апа удивительно по-доброму, по-родственному общалась со всеми Халили. Даже мне она подарила большое китайское блюдо из своего приданого», — отмечала она (ее слова приводятся по публикации А. Ахунова в журнале «Гасырлар авазы — Эхо веков»).
Таким образом, несмотря на субъективные замечания некоторых современников, дети Загидуллы Шафигуллина были воспитаны в лучших традициях просвещенных татарских семей.
В жандармских аналитических справках сыновей Шафигуллина называли, как и его самого, «поборниками «мусульманской нации»». Дети Загидуллы-бая освоили главные заповеди отца — это постоянное служение собственной семье, родине, нации и религии.