10 марта в России отмечают свой профессиональный праздник работники архивов. Праздник был установлен в 2003 году. Именно в этот день в 1720 году (28 февраля по старому стилю) Петр I подписал первый в России государственный акт — "Генеральный регламент или Устав". Он определил основы государственного управления и ввел во всех государственных органах власти архивы и должность актуариуса. Этот указ положил начало российской архивной службе.
Научный архив Музея истории религии был образован в 1953 году по инициативе директора Музея В. Д. Бонч-Бруевича из документальных материалов, входивших ранее в вещевой фонд музея. Часть фондов поступила в архив из Центрального государственного архива литературы и искусства СССР, отдельные документы — из Центрального государственного исторического архива СССР и Архива Академии наук СССР в Ленинграде. Рукописный отдел, так первоначально назывался Архив Музея истории религии, возглавила Л.И. Емелях, проработав в этой должности до 1962 г.
В Положении о Рукописном отделе (от 24 августа 1953 г.) указывается, что он собирает, систематизирует, описывает и хранит, а также подготавливает для публикации и научного использования подлинные рукописи, письма, документы, рукописные книги по истории религии и атеизма, а также по истории религиозно-общественных движений с древнейших времен по XX в. в России, СССР и в зарубежных странах.
Архив хранит фонды государственных учреждений, общественных организаций, личные фонды и тематические коллекции по истории религии и антирелигиозных движений. Фонды Государственного музея истории религии включают материалы научной, экспозиционной, собирательской деятельности: статьи сотрудников, экспозиционные планы, разработки лекций и экскурсий, отчеты об экспедициях. В фондах Центрального совета Союза воинствующих безбожников, Московского вегетарианского общества, Объединенного совета общин и групп по отказу от воинской повинности и др. общественных организаций сохранились уставы, протоколы заседаний, информационные документы, дела отказавшихся от воинской повинности, сведения по личному составу. Имеются фонды редакций журналов «Вестник Священного Синода», «Голос Толстого и Единение», «Духовный христианин-молоканин», газеты «Безбожник», которые включают статьи из портфеля редакций, переписку с читателями, информационные материалы. Особый интерес представляет фонд издательства В. Г. Черткова "Свободное слово", содержащий коллекцию документальных записей о жизни сектантов и преследованиях за религиозные убеждения в России конца XIX — начала XX в.
Среди фондов личного происхождения — собрания видных толстовцев П. И. Бирюкова, И. М. Трегубова, Е. В. Молостовой, M. С. Дудченко, Ф. А. Страхова (личные документы, творческие материалы, переписка, коллекции документов по истории религиозных движений), духобора В. А. Макасеева (статьи, дневниковые записи, письма, материалы о жизни духоборов в Канаде), исследователя старообрядчества С. И. Быстрова, проф. Московской духовной академии, историка церкви Н. И. Субботина и др. Представлены личные фонды советских исследователей религии: проф. С. Г. Лозинского (труды по истории католицизма, истории евреев в средние века), M. М. Шейнмана (история религии в новое время), музееведа А. А. Невского (материалы по православной иконографии), буддолога М. И. Лаврова, советского государственного деятеля и пропагандиста атеизма П. А. Красикова. Крупнейший фонд составляют материалы директора музея, историка и революционера В. Д. Бонч-Бруевича, где представлена обширная коллекция документов по истории сектанства, православия и свободомыслия в России конца XIX — середины XX в., переписка с религиозными деятелями и собрание фотографий.