В принципе всё просто. Налоговая видит движения по вашим расчетным счетам в режиме онлайн. И видит есть ли у вас онлайн кассы и какие там обороты. Так что если вы получили, например, деньги от физических лиц на расчётный счёт, а по кассе не пробили эти суммы, то налоговой не трудно сопоставить эту информацию и понять что вы нарушили закон.
И для этого, заметьте, им даже не надо приходить к вам и что-то запрашивать - вся информация у них уже есть. Подобная ситуация часто встречается также в рознице. В небольших магазинчиках зачастую есть эквайринг, а кассы нет. Хотя по закону должна быть. И что в результате видит налоговая? На расчётный счёт приходят деньги, а кассы нет вообще или сумма выручки по кассе не совпадает с суммой прихода на счёт через эквайринг. Вот и всё - нарушение, как говорится, на лицо. В принципе налоговая не скрывает как она узнаёт о нарушениях. Несколько лет назад ФНС выпустила потрясающее по своей честности и открытости письмо, адресованное налоговым инспекциям.