Ливония — это историческая область, которая в Средние века была населена племенем ливов. Это племя дало название региону. Ливония не была частью христианского мира, поэтому в то время нельзя было говорить о справедливой войне, такой как крестовый поход, то есть о возвращении земель, которые по праву принадлежали христианам.
Однако в булле 1199 года папа Иннокентий III представил ситуацию таким образом, будто язычники, составлявшие большинство, преследовали меньшинство — эстов, ливов и других, которые уже приняли христианство. Армия была направлена для защиты новообращённых и борьбы с отступниками. Так была обоснована справедливая цель этой военной кампании.
Ливонский крестовый поход стали рассматривать как оборонительную войну против язычников и раскольников, которые угрожали христианской церкви. Поэтому тем, кто «защищал Ливонскую церковь», а это были немецкие воины, а затем рыцари Ордена меченосцев, основанного в Риге в 1202 году, предоставлялись духовные и материальные привилегии крестоносцев.
Те же, кто не мог отправиться в Святую Землю из-за нехватки средств или физической слабости, могли коммутировать свой обет и сражаться против язычников в Ливонии. Это ставило Ливонию в один ряд со Святой Землёй, а заслуги участвовавших в походе рыцарей приравнивались к заслугам тех, кто воевал против мусульман на Востоке.
Другим примером, когда крестовый поход служил целям внешней экспансии западного христианства, является Прусский крестовый поход XIII века — серия кампаний немецких крестоносцев, целью которых была христианизация балтийских племён пруссов. Эти военные экспедиции также рассматривались как справедливая война, прежде всего как ответ на угрозу, исходящую от язычников для церкви.
Действительно, крестоносцы были призваны на помощь поляками после неудачных военных экспедиций польских князей против язычников и многочисленных набегов пруссов на пограничные польские земли. В дальнейшем в Прусском крестовом походе активно участвовали рыцари Тевтонского ордена, которые под предлогом обращения балтийских племён в христианство подчиняли своей власти их земли. Речь снова шла о миссионерской деятельности среди пруссов и колонизации юго-восточной Прибалтики, для чего использовался институт священной войны.
Уже в 1218 году папа Гонорий III издал буллу, приравнивающую военные экспедиции в Пруссию к походам в Палестину. В 1230 году великий магистр Тевтонского ордена Герман фон Зальца получил от папы Григория IX официальное разрешение на крещение язычников.
Участники походов в Пруссию, которые начались примерно в то же время и завершились подчинением земель Тевтонскому ордену в конце XIII века, получали от папы духовные и светские привилегии, которые обычно предоставлялись крестоносцам. В 1226 году Фридрих II Гогенштауфен издал Золотую буллу Римини, согласно которой император разрешил рыцарям ордена свободно действовать в Пруссии и передал им в собственность все земли, которые они уже завоевали, а также те, которые им предстояло завоевать.
Из Священной Римской империи в эти земли прибывали немецкие колонисты, которые селились в замках и крепостях — опорных пунктах колонизации, важнейшими из которых были Мариенбург, а затем Кенигсберг. Пётр из Дусбурга, священник Тевтонского ордена, описал в своей «Хронике Земли Прусской», как крестоносцы завоёвывали новые территории и пытались обратить местных жителей в христианство огнём и мечом.
Вся Пруссия попала под власть ордена, земли были розданы знати и рыцарям. Пруссы были насильственно обращены в христианство, но при этом получили землю и определённые права. В результате было создано орденское государство, которое было поделено на епархии и управлялось из Мариенбурга великим магистром ордена.
Так и была выполнена задача христианизации и экономической колонизации крупного региона в Прибалтике.